İddianamede Özgür Gündem gazetesi yöneticileri ve çalışanlarından Aslı Erdoğan, İnan Kızılkaya, Bilir Kaya, Necmiye Alpay, Kemal Sancılı, Emire Eren Keskin, Filiz Koçali, Ragıp Zarakolu ve Bilge Akut şüpheli sıfatıyla yer aldı.
Anadolu Ajansı'nın aktardığına göre iddianamede, KHK ile kapatılan Özgür Gündem'in yayın politikasının Cumhuriyetin niteliklerin; siyasi, hukuki, sosyal ve ekonomik düzenini değiştirmek, devletin ve milletin bölünmez bütünlüğünü bozmak, Türk Devletinin ve Cumhuriyetinin varlığını tehlikeye düşürmek, devlet otoritesini zaafa uğratmak, yıkmak veya ele geçirmek olduğu belirtildi.
32 sayfalık iddianamede gazetenin PKK'nın sözcülüğünü ve propagandasını yaptığı belirtilirken gerekçe olarak şunlar gösterildi:
PKK'nın üst düzey yöneticilerinden 'Hüseyin Ali' lakaplı Mustafa Karasu'nun gazetede köşe yazarlığı yapması ve PKK'nın kurucularından Muzaffer Ayata'nın da yazar kadrosunda yer alması.
'KCK'nın yürütme konseyi eş başkanlarından 'Buse Hozat' kod adlı Hülya Oran'ın beyanlarına yer verilmesi ve köşe yazarlığı yapması.
Abdullah Öcalan'ın 2012 ile 2014 yılları arasında gazetede 'Ali Fırat' kod ismiyle yazılarının yayınlanması.
PKK'nın yöneticilerinden Duran Kalkan, Mustafa Karasu, Cemil Bayık, Bahoz Erdal kod isimli Fehman Hüseyin, Rıza Altun'un beyanlarına yer verilmesi.
'Gazetenin 'BINEVŞ' ekinde Abdullah Öcalan'a ait fotoğrafların paylaşılması, gerilla denilen bayan şahısların kamuflajlı fotoğraflarının paylaşılarak kadın ve anne dergisi gibi gösterilmesi, anne ve çocukları ön plana atarak KCK'lı yöneticilerin yorumlarına yer verilmesi ve bu sayede örgütün aleni bir şekilde propagandasının yapılması.
İddianamede ayrıca örgüt elemanlarının ölüm haberlerinin 'infaz' olarak verildiği, şehit olan güvenlik güçlerimize hakaret edildiği ve Türkiye aleyhinde kamuoyu oluşturulacak her türlü asılsız haberin yayınladığı belirtildi.