5 Mayıs 1970 yılında Tokat’ta doğan Mahmut Özer, İstanbul Teknik Üniversitesi (İTÜ) Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Bölümünden (1992) mezun oldu. 1992-1994 yılları arasında Devlet Hava Meydanları İşletmesi (DHMİ) Genel Müdürlüğü Dalaman Havalimanında Elektronik Mühendisi olarak görev yaptı. Yüksek Lisans ve Doktorasını Karadeniz Teknik Üniversitesi (KTÜ), Fen Bilimleri Enstitüsü Elektrik-Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalında sırasıyla 1996 ve 2001 yıllarında tamamladı. Mahmut Özer, 1994-2002 yılları arasında Gazi Osmanpaşa Üniversitesinde Öğretim Görevlisi, 2002-2010 yıları arasında Zonguldak Karaelmas Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Elektrik-Elektronik Mühendisliğinde öğretim üyesi olarak görev yaptı.
28 Kasım 2010-4 Ekim 2017 tarihleri arasında Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Rektörü olan Mahmut Özer, 1 Ağustos 2015-1 Ağustos 2016 tarihleri arasında Üniversitelerarası Kurul (ÜAK) Başkanlığı yaptı. Mesleki Yeterlilik Kurumu (MYK) Yönetim Kurulu Üyeliği ve Başkan vekilliği ve Türk Standartları Enstitüsü (TSE) Genel Kurul Üyeliği görevlerini de yürüten Mahmut Özer, 4 Ekim 2017 tarihinde Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) Başkanlığı görevine atandı. Mahmut Özer, 8 Ağustos 2018 tarihinde Milli Eğitim Bakanlığı Bakan Yardımcılığına atanmıştı.