Avrupa'da Porto ve Olimpiakos'ta kupaları kazanan Pereira'nın yolu 2015/2016'da Türkiye'ye düştü. Fenerbahçe yönetiminin, 11 Haziran 2015'te 2 yıllık sözleşme imzaladığı Pereira'yla birlikteliği 14 ay sürdü.
Sarı-lacivertli kulüp, büyük umutlarla Fenerbahçe'nin başına gelen ancak Süper Lig, Avrupa kupaları ve Türkiye Kupası'nda istenilen sonuçları alamayan Pereira'ya buna rağmen yeni sezon öncesi güvendi. Taraftarın tepkisine rağmen Pereira'yla devam etme kararı alan kulüp başkanı Aziz Yıldırım, UEFA Şampiyonlar Ligi 3. ön elemesinde Monaco'ya elenilmesinden sonra kararını değiştirdi. Süper Lig'de yeni sezonu göremeyen Pereira, Fenerbahçe'nin başında çıktığı 62 resmi maçta 38 galibiyet, 15 beraberlik ve 9 yenilgi yaşadı.
Robin van Persie, Luis Nani, Lazar Markovic, Simon Kjaer başta olmak üzere 11 transferle, tarihinin en pahalı kadrosunu kuran Fenerbahçe, hayal kırıklığıyla dolu bir yıl geçirdi.
Fenerbahçeli taraftarları en çok üzen sonuçlardan biri de Galatasaray 'la oynanan Ziraat Türkiye Kupası finali oldu. Tarihinin en kötü sezonlarından birini geçiren Galatasaray'a finalde 1-0 kaybeden Fenerbahçe'de, teknik direktör Pereira, taraftarların tepkisini daha da fazla almaya başladı.