1984 yılında Aziz Nesin öncülüğünde bir grup tarafından hazırlanan Aydınlar Dilekçesi'nin hazırlık sürecine katıldı. Aydınlar Dilekçesi, Cumhurbaşkanlığı ve TBMM Başkanlığına sunuldu ancak Kenan Evren, imzalayanları “vatan hainliği” ile suçladı ve dava açtı.
Aynı yıl 12 Eylül döneminde aydınlara yapılan işkenceleri anlattığı 'Sakıncasız' adlı oyunu yazdı. Bir de bu yıl 'Papa-Mafya-Ağca' kitabını yayınladı.
1987 yılında Rabıta ve 12 Eylül adlı kitapları araştırmacı gazetecilik açısından büyük bir başarı kabul edildi.
1991 ila 1925 yıllarında ise en önemli araştırmalarından biri olan 'Kürt-İslam Ayaklanması'nı yayımladı.
Yıl 1991 olduğunda, İlhan Selçuk ve yaklaşık 80 civarı Cumhuriyet gazetesi çalışanıyla birlikte gazeteden ayrıldı.
1 Şubat ila 3 Mayıs 1992 tarihlerinde Milliyet Gazetesinde yazdı.
Yönetim değişikliğinin ardından 7 Mayıs 1992 tarihinde Cumhuriyet Gazetesi'ne geri döndü.
Mumcu, araştırmalarına ara vermeksizin devam etti. 7 Ocak 1993 tarihinde “Mossad ve Barzani” adlı bir yazı yazdı ve bu yazısında Barzani, CIA ve Mossad arasındaki bağlantılara değindi. Durumu şu ifadelerle açıkladı;
“Kürtler sömürgeciliğe karşı bağımsızlık savaşı yapıyorlarsa ne işi var CIA ve MOSSAD'ın Kürtler arasında?” “Yoksa CIA ve MOSSAD, anti-emperyalist savaş veriyorlar da dünya bu savaşın farkında değil mi?”
8 Ocak 1993 tarihinde Cumhuriyet Gazetesinde yayınlanan 'Ültimatom' başlıklı yazısında, istihbarat örgütleri ile Kürt milliyetçileri arasındaki bağlantıları açıklayacağını yazdı.
24 Ocak 1993 tarihinde uğradığı bombalı saldırı sonucu hayatını kaybetti. Uğur Mumcu'nun uğradığı suikastın ardından kardeşi İşçi Partisi Genel Başkan Yardımcısı Ceyhan Mumcu, Uğur Mumcu'nun İsrail elçisiyle görüşme yaptığını açıkladı.
Fail-i meçhul ne demek, maalesef küçükken bu cinayet ile öğrendim. Sonra sayılar arttı ama çözülebilen yok. Ölünce kıymeti de bilinmedi. Böyle işte olursa, bir yerlerde denk gelirse anıyoruz. Aslında bu cinayetler çözülene kadar kimse rahat uyuyamamalı da, işte... Neyse...