SMA hastalığının sebep olabileceği komplikasyonların başında kaslar üzerindeki kontrolün kaybı gelir. Bunun en önemli etkisi ise solunumu kontrol eden kasların zamanla zayıflamasıdır.
Solunum kaslarının zayıflaması havanın yeterince sağlıklı bir şekilde alınamaması anlamına gelir. Yeterince oksijen alamayan organlar ise zamanla olumsuz etkilenecektir. Zaman içerisinde baş ağrıları, uykusuzluk, sık sık esneme, uyku hali, yutmada zorluk, enfeksiyonlar ve kalp hasarı, solunum yetmezliği görülebilir.
SMA'lı bireylerde bacaklar ve kollar zayıflık gösterir. Ayrıca eller de zaman içerisinde zayıflayarak güçsüz duruma düşecektir. Skolyoz da SMA hastalığının en yaygın belirtilerinden birisidir. Omurgayı destekleyen kasların zayıflaması, omurganın da eğrilmesine sebep olacaktır. Bu durum ise duruşun ve hareketin bozulmasına sebep olur.
SMA’lı bireyler genellikle yaşamın erken dönemlerinde omurgalarında eğrilik gösterirler. Erken yaşlarda görülen skolyoz, ilerleyen yaşlarda tedavi edilebilir. Bazı SMA hastalığı tipleri kromozom 5 veya SMN eksikliğine bağlı değildir. Bu tiplerin şiddeti ve hangi kasları etkilediği vakadan vakaya büyük farklılık gösterir.