Nilperi Şahinkaya, 23 Şubat 1988'de Senegal'de doğdu. İlkokul eğitimini Paris’te, ortaokul eğitimini Bern’de tamamladı. Annesi ona Nil adını koymak istemiştir fakat dedesi gördüğü bir rüya üzerine adına 'peri'nin eklenmesini istemiş ve bu sayede adı Nilperi olmuştur.
2003 yılında Ankara’ya yerleşip, 2006’da Charles de Gaulle Fransız Lisesini bitirdi ve 2006-2010 yılları arasında Bilkent Üniversitesi Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesinde okudu. Çok ülke gezmesinde babasının rolü büyüktür çünkü babası bir diplomattır. Babası Salim Levent Şahinkaya'dır.
Okul yıllarında Deniz Yıldızı adlı dizide rol aldı. Üniversiteden, Yüksek Şeref Listesine girerek mezun oldu. 2010’un Haziran ayında Öyle Bir Geçer Zaman ki dizisine seçilerek İstanbul’a yerleşti. Öyle Bir Geçer Zaman ki'de canlandırdığı Mesude karakteri ardından Kayıp dizisinde Defne ve Sedef karakterlerine can verdi.
Kiraz Mevsimi adlı dizide başrollerden biri olan Şeyma karakteri ile büyük çıkış yaparak N'olur Ayrılalım adlı dizide başrollerden olan Temmuz Akıncı karakterine can verdi. Hira Tekindor'un yönetmenliği ile başrollerini Zerrin Tekindor, Tardu Flordun, Şükrü Özyıldız ile paylaştığı, Oyun Atölyesinde sahnelenen Kim Korkar Hain Kurttan oyununda Honey karakteriyle yer aldı. Ay Yapım tarafından, Çağrı Vila Lostuvalı yönetmenliğinde atv'de yayınlanan, başrollerini Kerem Bürsin ve Leyla Lydia Tuğutlu'nun paylaştığı Bu Şehir Arkandan Gelecek dizisinde Aslı karakterini canlandırdı.