Balıkçı’nın öldürülmesiyle ilgili Diyarbakır 2. Hava Kuvvet Komutanlığı Askeri Mahkemesi’nde dava açıldı. Açılan dava yaklaşık iki yıl sonra sonuçlandı. Askeri Mahkeme, 26 Mart 2013 tarihinde açıkladığı kararında Ağaoğlu’nu ‘bilinçli taksirle insan öldürmek’ suçundan 4 yıl 5 ay 10 gün hapis cezasına çarptırdı.
Mahkeme, karakolda görevli sanık Astsubay Sadrettin Ersöz’e ‘görevi ihmal’ suçundan 5 ay hapis cezası verip hükmün açıklanmasını geri bıraktı. Balıkçı ailesi karara itiraz ederek dosyayı Askeri Yargıtay’a taşıdı. Askeri Yargıtay, yerel mahkemenin kararını usul yönünde bozarak yeniden yerel mahkemeye gönderdi.
Yeniden yargılama devam ederken, 15 Temmuz 2016’daki darbe girişiminden sonra çıkarılan 668 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile askeri yargı kaldırıldı. Askeri Mahkemelerin kaldırılmasından dolayı dosya, Balıkçı’nın öldürüldüğü yer olan Batman’ın Kozluk ilçesine gönderildi.
Dosya, Kozluk Asliye Ceza Mahkemesi’nde 8 Şubat 2020’de yeniden görülmeye başladı. 10 yıl süren yargılamanın sonunda, fail Kıvanç Ağaoğlu’na 16 yıl 8 aylık hapis cezası verildi. Yargıtay, 13 Temmuz 2021’de oy çokluğuyla cezayı onadı.