Portekiz bayrağı, ülkenin tarihi ve kültürel mirasıyla yakından ilişkili bir semboldür.
Portekiz bayrağı, ülkenin bugünkü sınırlarının büyük bir kısmını kapsayan ve İber Yarımadası'nda bulunan bir krallık olan Portekiz Krallığı'nın kuruluşundan bu yana değişim geçirmiştir.
Orta Çağ'da, Portekiz Krallığı'nın bayrağı kırmızı renkteydi ve üzerinde yeşil bir haç bulunuyordu. Bu haç, Kutsal Haç Kilisesi'nin kurucusu olan Aziz Henry'nin (Portekiz'de İnfante Dom Henrique olarak bilinir) arması ile ilişkilendiriliyordu.
16. yüzyılda Portekiz, keşifleriyle ün kazandı ve dünya çapında bir imparatorluk kurdu. Bu dönemde bayrağın tasarımı da değişti. Günümüzdeki Portekiz bayrağına benzer bir bayrak kullanılmaya başlandı. Bu bayrakta kırmızı renk hala kullanılmaktaydı, ancak üzerinde yeşil bir haç yerine arması bulunuyordu.
Portekiz Cumhuriyeti'nin ilanından sonra, bayrak tasarımı tamamen değiştirildi ve günümüzdeki Portekiz bayrağı ortaya çıktı. Bu tasarımda, kırmızı renk hala kullanılırken, bayrağın merkezinde Portekiz'in ulusal sembolü olan 'Quinas'ı gösteren bir armada yer alır.