PCR testlerinde öncelikle, burun ve boğazdan ucu pamuklu ince bir çubuk vasıtasıyla sürüntü örneği alınmaktadır. Bunun yanında öksürdükten sonra çıkan balgam da örnek olarak alınabilmektedir.
Koronavirüs için kullanılıyorsa, hastalığın ilk dönemlerinde bu test için boğaz ya da burundan örnek alınması daha uygundur. Ancak ilerleyen dönemde havayollarından örnek alınmalıdır. Çünkü hastalığın ilerleyen aşamalarında boğaz ya da burun kısmında virüsten örnek kalmamış olabilir.
Sağlık görevlisi tarafından alınan örnek özel bir kaba konulmaktadır ve bu örnek laboratuvarda test kartuşuna aktarılmaktadır. Bu aşamadan sonra örnek otomatik olarak filtre edilmektedir. Daha sonra ultrasonik dalgalarla virüsün DNA'sı salınır. Bu aşamada PCR ajanlarıyla DNA molekülleri karışır. Sonrasında reaksiyon tüpünde gerçek zamanlı çoğalma ve tanımlama yapılır. Ve sonrasında da sonuç aşamasına gelinir.
PCR; 94°C-98 °C aralığında gerçekleştirilen denatürasyon yani yüksek ısıya maruz kalan DNA'nın iki zincirinin ayrılması, 37 °C-65 °C aralığında gerçekleştirilen tavlama yani sentetik oligonükleotidlerin hedef DNA'ya bağlanması (hibridizasyon) ve 72 °C'de gerçekleştirilen uzama aşamaları olmak üzere 3 aşamadan meydana gelir. Test bu aşamaların belirli bir döngüde ve sayıda tekrarlanması ile gerçekleştirilmektedir.