Yumurtalık kistinin tipine uygun bir tedavi belirlenir. Basit ve küçük kistler takip altına alınır ve doğum kontrol hapları ile kistin küçülmesi sağlanabilir. Ağrılarınız için ilaç önerilebilir. Kullanılan haplardaki hormonlar kistleri tamamen ortadan kaldırmaz, ancak oluşumlarını engelleyebilir. Yumurtalık kistlerinin bazıları ameliyat gerektirebilir. Bu durum çap olarak büyük ve çeşitli belirtilere neden olan kistlerin varlığında tercih edilmektedir. Özellikle menopoz döneminin ardından ameliyat gerekebilir. Bunun nedeni kistlerin kanserli olma riskinden dolayıdır. Cerrahi işlem ile kistin yanı sıra komple yumurtalıkta alınabilir. Uygulanan ameliyat kistin büyüklüğüne göre şu operasyonları içermektedir;
Laparotomi: Kistin büyük olması halinde doktorunuz karın bölgesine atılan bir kesi ile kisti çıkarmayı hedefler. Kist için biyopsi yapılması uygun görülür. Eğer kist kanserli ise yumurtalıklarınız ve rahminizi çıkarmak amacıyla histerektomi uygulanabilir.
Laparoskopi: Doktorunuz daha küçük kistlerde göbek deliğinin üst ya da altından kesi açarak kapalı ameliyat olan laparoskopi yöntemini uygulayabilir. Genel anestezi altında yapılmakla birlikte bu işlem ince bir teleskopa benzeyen laparoskop olarak bilinen bir alet ile karın iç organlarının görüntülenmesini içeren bir operasyondur.