Osmanlı donanmasının başında bulunanlara Kaptan-ı Derya adı verilmiştir. Günümüzde ise Deniz Kuvvetleri Komutanı olarak geçmektedir. Osmanlı Devleti'nde kaptan-ı derya unvanın kullanılması 17.yy ile birlikte görülmektedir. O yıllardan itibaren beylerbeyi ya da vezir unvanları kullanılmaktaydı. Osmanlı'nın sınırları denizaşırı topraklara ve Akdeniz'e kadar uzanınca kaptan-ı deryaların önemi arttı.
Osmanlı'nın ilk deryabeyleri, sancak yöneticiliği görevi de yapıyorlardı. Osmanlı donanması, Gelibolu'dan İstanbul'a geldikten sonra deryabeyine kaptan-ı derya da denilmeye başlandı. II. Mehmet dönemi ile birlikte kaptan-ı deryanın sorumlulukları da arttı. Cezair-i Bahri Sefid ve Cezayir-i Garp tek bir yönetimde birleştirilince Kaptanpaşa eyaleti oluşturuldu. Bunun üzerine kaptan-ı derya bu eyaletin yönetici oldu. Ancak Osmanlı'nın ilk kaptanı olan Barbaros Hayreddin Paşa'nın göreve gelmesinden sonra kaptan-ı deryaların Divan-ı Hümayun'a vezir rütbesi üye olarak katılmaları zorunluluk haline geldi.
Tersane-i Amire'nin en üst yöneticisi kaptan-ı derya idi. Atamalar yapma, hükümler yazma, tuğra çekme gibi denizcilikle ilgili her karar kaptan-ı deryalara bırakıldı. Aynı zamanda kıyı ya da açık deniz karakol hizmetleri, Tersane-i Amir'de çalışmaları planlamak asıl görevlerini oluşturmaktaydı. Kaptan-ı derya donanma ile denize açılacağı zaman Tersane- Amire'de sadrazama teftiş verir, daha sonra padişahın yanına çıkardı. Donanma ise bu sıralarda saray açıklarında demir atıp, top atışı yaparak padişahı selamlardı. Kaptan-ı derya olmadığı zamanlarda en kıdemli yardımcısı görevi üstlenirdi.