1968 yılında Nevşehir ilinde doğdu. İlk ve ortaöğrenimini Kayseri' de tamamlayarak 1983 yılında Ankara Polis Koleji'ne ve 1987 yılında da Polis Akademisi'ne girdi.1991 yılında İstanbul Emniyet Müdürlüğü'nde Komiser Yardımcısı olarak göreve başladı.
Mustafa Çalışkan’ın Emniyet içindeki kariyeri ise şöyle;
İstanbul (Çevik Kuvvet Şube Müdürlüğü, İstihbarat Şube Müdürlüğü, Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü, Şişli İlçe Emniyet Müdürlüğü, Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü)
Yalova (İstihbarat Şube Müdürlüğü)
Batman (Kozluk İlçe Emniyet Müdürlüğü)
Kırşehir (Personel Şube Müdürlüğü, Muhabere Şube Müdürlüğü)
Sakarya (Erenler ve Karasu İlçe Emniyet Müdürlükleri, Devlet Büyüklerini Koruma Şube Müdürlüğü, Asayiş Şube Müdürlüğü )
Adana (Kemal Serhadlı Polis Meslek Eğitim Merkezinde Öğretmen Emniyet Müdürü) illerinde görev yaptı.
2001-2002 yılları arasında Doğu Timor'da BM Polis Barış Gücü'nde, 2005-2006 yılları arasında Kosova'da BM Polis gücünde görev aldı.
1995 yılında Eğirdir Dağ Komando Okulunda eğitimini tamamlayarak 'Dağ Komando Brövesi' alan Mustafa ÇALIŞKAN 12 ay süresince Van İli Erciş İlçesi Jandarma Bölük Komutanlığında Komando Asteğmen olarak Vatani Görevini ifa etti.
2010 yılında 'İstanbul Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsü Sosyal Bilimler Anabilim Dalı' Yüksek Lisans programından mezun olduktan sonra 2012 yılında 'Anadolu Üniversitesi Açıköğretim Fakültesi Adalet Meslek Yüksekokulu'nu bitiren Mustafa ÇALIŞKAN, 2016 yılında 'Sakarya Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Felsefe ve Din Bilimleri Anabilim Dalı Din Sosyolojisi Bölümü'nde doktorasını tamamladı. Akademik çalışmalarına bu tarihten sonrada devam eden Doç.Dr. Mustafa ÇALIŞKAN, 29 Mayıs 2020 tarihinde Üniversitelerarası Kurul Kararı ile Sosyoloji alanında Doçentlik unvanını kazandı.
17-25 Aralık darbe girişiminin hemen ardından 04 Ocak 2014 tarihinde İstanbul Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şube Müdürü olarak atanan Doç.Dr. Mustafa ÇALIŞKAN, 14 Temmuz 2014 ile 2 Eylül 2015 tarihleri arasında Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü ve Bomba İmha ve İnceleme Şube Müdürlüğünden sorumlu İl Emniyet Müdür Yardımcılığı görevini ifa etti. 2 Eylül 2015 tarihi itibariyle de İstanbul İl Emniyet Müdürü olarak atandı.
Mustafa Çalışkan son olarak Emniyet Genel Müdür Yardımcılığı görevine getirilmişti. Atama kararı Resmi Gazete'de yayımlandı. Mustafa Çalışkan'ın yerine İstanbul'un yeni emniyet müdürü Adana Emniyet Müdürü Zafer Aktaş olmuştu.