Mustafa Çalık beş çocuklu bir ailenin baştan ikinci ferdi olarak 1956 yılında Gümüşhane'nin Çalık Köyü'nde dünyaya gelmiştir.
Mustafa Çalık ilk ve orta eğitimlerinin ardından Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'ni kazandı ve 1978 yılında mezun oldu.
Mustafa Çalık 1979 yılında Boğaziçi Üniversitesi'nde başladığı doktora programını yarım bırakmak zorunda kaldı ve 1980 yılında Uzman yardımcısı olarak çalışmaya başladığı Devlet Planlama Teşkilâtı'nda 1984'de uzman oldu.
12 Eylül'ün ardından bir grup arkadaşıyla beraber Yeni Sözcü dergisinin kuruluşunda bulundu ve Fâzıl Mustafa müstearıyla köşe yazıları yazdı.
1973-74 arası Demokrat Gümüşhane gazetesinde köşe yazıları yazdı. Ayrıca Yeni Ufuk (1997) ve Ayyıldız (1999) gazetelerinde yazıları yayımlandı. 1989' dan itibaren genel yayın müdürlüğünü üstlendiği Türkiye Günlüğü dergisini çıkardı. Türk Ocakları, Mülkiyeliler Birliği üyesidir.
1985-87 yılları arasında ABD'de Denver Üniversitesi'ne bağlı Milletlerarası Çalışmalar Lisans-Üstü Okulu'nda Milletlerarası Politika Mastır'ı yaptı.
Bilâhare Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde başladığı siyaset ilmi doktorasını, MHP Hareketi'nin Siyasî Sosyolojik ve Kültürel Kaynakları başlıklı bir tez savunarak 1992 yılında tamamladı.