Tiyatro ve müziğe ilgi duyan Yıldırım, Yıldız Teknik Üniversitesi Oyuncuları'na (YÜO) katıldı ve 3 yıl amatör olarak tiyatroda oynadı. YÜO'daki arkadaşları aracılığıyla televizyon dünyasına giren Yıldırım'ın televizyonla ilk tanışmasını sağlayan, 2003 yılında “Ölümsüz Aşk” dizisinin bir bölümünde küçük bir rol alması oldu. Fakat dizi yalnızca 11 bölüm sürdü.
2004 yılında Bütün Çocuklarım dizisinde 'Mesut' karakterini canlandıran Yıldırım, oyunculuğa Büyük Yalan dizisi ile devam etti.
2006 yılında ilk uzun soluklu çalışması olan Fırtına dizisinde başrol oynayarak ün kazandı. Aynı yıl sinemada Altın Portakal ödülüne aday olan Araf filmi ile ilk kez başrol oynadı.
Başrolünü paylaştığı Tuba Büyüküstün ile Asi dizisinde 'Demir' karakterini oynadı.
2009 yılında ise Asi dizisi sona erdikten sonra TMC yapım şirketi ile Aşk ve Ceza adlı dizi için anlaşma imzalayan Yıldırım, dizide başrolü oynadı.
2012'de Tims Productions'ın yapımcılığını üstlendiği, Show TV'de yayınlanan Suskunlar'da Ecevit karakterini canlandırdı.
2016 yılında Meryem Uzerli ile birlikte Gecenin Kraliçesi dizisinde başrol oynadı
2015 2016 yıllarında Kocan Kadar Konuş film serisin de başrol oynadı
Murat Yıldırım son olarak yine Show TV’de yayınlanan Ramo adlı dizide rol almıştı.