Murat Ülker, ilkokul ve ortaokul eğitiminin ardından İstanbul Erkek Lisesi'ne girdi. Liseden mezun olduktan sonra Boğaziçi Üniversitesi İdari Bilimler Fakültesi'nde İşletme Bölümü'nde eğitim gördü.
Üniversite eğitiminden sonra çalışmaya başlayan Ülker, American Institute of Baking ve Zentralfachschule der Deutschen Süßwarenwirtschaft gibi başarılı okullarda işiyle ilgili eğitimler aldı. Staj eğitimini ise ABD'de bulunan Continental Baking'te tamamladı. Bu dönemde sadece Amerika'da değil, Avrupa'da bulunan pek çok fabrikayı ve tesisi inceledi. Birçok International Executive Services Corps projelerinde rol aldı.
Ülker Grubu'nda 1984 yılında Kontrol Koordinatörü olarak çalışmaya başladı. Daha sonra İşletmelerden Sorumlu Genel Müdür Yardımcılığı ile Genel Müdürlük görevlerinde bulundu. İcra Komitesi üyeliğinin ardından gruba bağlı çeşitli şirketlerde Yönetim Kurulu Üyeliği yaptı.
2000 senesinde Yıldız Holding İcra Kurulu Başkanı olarak görevine başladı. 2008 yılında ise Yıldız Holding'de Yönetim Kurulu Başkanı oldu. 2020 yılına kadar süren bu görevini yeğeni Ali Ülker devraldı.