4 sezon yayınlanan dizi pek çok ödül almayı başardı. 2011 yılında Antalya Televizyon Ödülleri'nde hem En İyi Dram Dizisi hem de En İyi Dönem Dizisi Ödülü alan Muhteşem Yüzyıl, aynı törende ayrıca En İyi Dizi Erkek Oyuncu (Okan Yalabık) ve En İyi Dizi Film Sanat Yönetmeni Adayları Ödülü'nü kazandı.
Aynı yıl Ayaklı Gazete TV Yıldızları'nda En İyi Kadın Oyuncu, En İyi Erkek Oyuncu, En İyi Drama Yardımcı Erkek Oyuncu, En İyi Drama Yardımcı Kadın Oyuncu, En İyi Dönem Dizisi, En İyi Dizi Müziği ödüllerini kazandı.
2012 yılında Altın Kelebek Ödülleri En İyi Drama dizisi ve En İyi Kadın Oyuncu Ödülleri'ni kazandı.
Aynı yıl Antalya Televizyon Ödülleri'nde En İyi Dönem Dizisi, Drama Dizisi En İyi Senaryo, Dizi Film En İyi Görüntü Yönetmeni, Dizi Film En İyi Sanat Yönetmeni, Dizi Film En İyi Müzik ve En Sevilen Erkek Dizi Oyuncusu Ödülleri'ne layık görüldü.
Ahi Evran Üniversitesi'nde Selma Ergeç Yılın En Başarılı Genç Kadın Oyuncusu Ödülü'nü kazandı.
Ayaklı Gazete TV Yıldızları Ödülleri'nde En İyi Dönem Dizisi, En İyi Dönem Dizisi Erkek Oyuncusu, En İyi Dönem Dizisi Kadın Oyuncusu, En İyi Dönem Dizisi Yardımcı Erkek Oyuncusu ve En İyi Dönem Dizisi Yardımcı Kadın Oyuncusu Ödülleri'ni kazandı.
2013 yılında Yılın Yıldızları Ödülleri'nde En Beğenilen Kadın Dizi Oyuncusu Ödülü'nü kazanmasının ardından, Kristal Fare Ödülleri'nde En İyi Dizi Kadın Oyuncusu, En İyi Dizi Erkek Oyuncusu ve En İyi Dizi Ödülleri'ne layık görüldü.
Aynı yıl Antalya Televizyon Ödülleri'nde Yılın En İyi Dram Dizisi, Dram Dizisi En İyi Kadın Oyuncu, Dram Dizisi En İyi Yönetmen ve Dram Dizisi En İyi Senarist Ödülleri'ne hak kazandı.
2013 yılında Altın Kelebek Ödülleri'nde En İyi Drama Dizisi Ödülü'nü kazanan Muhteşem Yüzyıl, 2014 yılında ise En İyi Erkek Oyuncu (Drama) Ödülü'nü yine Halit Ergenç'le kazandı.