Ancak bu sırada, beyninin bir kısmına kan akışını engelleyen ve ne yazık ki o kısmın ölmesine neden olan şişmiş bir kan damarı vardı. İlk ameliyattan iki yıl sonra, üçüncü sezon çekimlerinin ardından, Clarke bir ameliyat daha olması gerektiğini öğrendi. Öğrendiklerinin ağırlığı altında ezilen ve ölümle burun buruna olduğunu düşünen Clarke, depresyona girdi. İkinci ameliyat, onu acı içinde çığlık atarak uyandıran büyük bir beyin kanaması nedeniyle başarısız oldu. Doktorlar, tedavi için kafatasını kesmeleri ve kafatasındaki bazı kısımları titanyum ile değiştirmeleri gerektiğini söylediler. Ona güç veren ve hayata tutunmasını sağlayan şey, Daenerys rolüydü. O karakteri oynamak ve hatırlayamayacağını düşündüğü replikleri hatırlayabilmesi, küllerinden yeniden doğmasını sağladı ve ekranda parlamaya devam etti.