1994 yerel seçimlerinde İstanbul Büyükşehir Belediye Başkan Adayı oldu, fakat seçilemedi. 1995 yılında DYP'den istifa ederek ANAP'a döndü.
Çeşitli kuruluşlarda yöneticilik ve yönetim kurulu üyeliği yaptı. Marmara Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Öğretim Üyesi oldu. 1985 yılında İstek Vakfı'nı kurarak, vakfın genel başkanı oldu. Vakıf çok sayıda anaokulu, ilköğretim okulu ve lise kurarak eğitime açtı. Vakfın kurduğu Yeditepe Üniversitesi 1996 yılında eğitime başladı.
12 Ocak 2011 tarihinde İrticayla Mücadele Eylem Planı davası kapsamında İçişleri Bakanlığı hakkında kırmızı bültenle yakalanma emri çıkarılmaya çalışılmış fakat çıkarılamamıştır. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 30 Aralık 2011 tarihinde İstek Vakfı malları hariç, Bedrettin Dalan'ın Türkiye'deki bütün mal varlığına, hak ve alacaklarına el konulmasına karar verdi.
Bedrettin Dalan hakkında Ergenekon davası kapsamında 12 Nisan 2010'da yakalama kararı çıkarıldı. 18 Şubat 2015 tarihinde yakalama kararı kaldırılan Dalan, 10 Mart 2015'te Türkiye'ye döndü.