Meksika bayrağı, Meksika'nın bağımsızlık hareketinin sembolü olarak ortaya çıktı. Meksika, 16. yüzyılın başında İspanyol sömürgeciliğinin etkisi altına girdi ve bu durum 1810'da başlayan bağımsızlık savaşlarına yol açtı. 1821'de İspanya, Meksika'nın bağımsızlığını tanıdı ve bu tarihten sonra Meksika, kendi egemenliği altında bir ulus olarak var oldu.
Meksika bayrağı, bağımsızlık hareketi sırasında kullanılan 'Güçlü İttifak' (The Strong Alliance) adlı birliğin bayrağından esinlenerek tasarlandı. Güçlü İttifak bayrağı, yeşil, beyaz ve kırmızı şeritlerden oluşuyordu ve üzerinde bir kartal ve bir yılan vardı. Bu semboller, Aztek kültüründe önemli bir yere sahipti ve Meksika'nın tarihi ve kültürel mirasının bir parçasıydı.
Meksika bayrağı, bağımsızlık hareketinin liderlerinden olan Agustin de Iturbide tarafından 24 Şubat 1821'de kabul edildi. Bayrağın tasarımı, o dönemde kullanılan Güçlü İttifak bayrağından esinlenerek oluşturuldu. Yeşil, beyaz ve kırmızı şeritlerin yanı sıra, beyaz zemin üzerindeki kartal ve yılan sembolü de bayrağa eklendi.