Warner ve gitarist Scott 'Daisy Berkowitz' Putesky, 1989'da Fort Lauderdale, Florida'daki The Reunion Room'da Marilyn Manson & the Spooky Kids grubunu kurdu. Bu isim daha sonra Marilyn Manson olarak kısaltıldı. The Spooky Kids zamanında Manson, grubun bazı kulüplerde çalmasının yasaklanması nedeniyle Jeordie White (Twiggy Ramirez) ve Stephen Gregory Bier Jr. (Madonna Wayne Gacy) ile iki yan projede yer aldı: bas gitar çaldığı bir sözde Hristiyan müzik grubu olan Satan on Fire, davul çaldığı ve White ile o dönemki kız arkadaşı Jack Off Jill grubu vokalisti Jessicka'nın kurduğu Mrs. Scabtree.
1993'te grup Trent Reznor'un dikkatini çekti. Reznor, grubun 1994 tarihli ilk albümü Portrait of an American Family'nin prodüksiyonunu yaptı ve müzik şirketi Nothing Records'tan yayınladı. Grup, kült bir hayran kitlesi yarattı ve 1995 tarihli Smells Like Children EP'sinin yayınlanmasıyla Nine Inch Nails ve Jim Rose Circus'un da çaldığı The Downward Spiral turnesiyle hayran kitlelerini genişlettiler. Bu EP'deki, orijinali 1983 tarihli Eurythmics şarkısı olan, 'Sweet Dreams (Are Made of This)' cover'ı ile ilk büyük MTV hitine sahip oldular. Trent Reznor'ın prodüktörlerinden biri olduğu Antichrist Superstar ise daha büyük bir başarıya imza attı.
Sadece ABD'de grubun üç albümü iki platinum ve üç altın plak kazandı ve grup iki 'bir numara' albüm dahil olmak üzere yedi kez listelere ilk 10'dan giriş yaptı. Manson, Jack Off Jill grubunun önce prodüktörlüğünü yaptı. Gruba adını bulmasına yardım etti ve grubun ilk şarkılarının çoğunun prodüktörlüğünü yaptı ve ayrıca grubun 'My Cat' şarkısında gitar çaldı ve Güney Florida'daki konserlerinde grubun on grubu olmasını sağladı. Manson daha sonra grubun eski şarkılarından oluşan bir toplama olan Humid Teenage Mediocrity 1992–1996, albümünün içindeki notlara katkıda bulundu. Manson, DMX albümü Flesh of My Flesh, Blood of My Blood'ta ve Posthuman adlı müzik şirketinden yayınladığı tek albüm olan Godhead albümü 2000 Years of Human Error'da konuk sanatçı olarak yer aldı.