5 Mayıs 1970 yılında Tokat'ta doğan Mahmut Özer, İstanbul Teknik Üniversitesi (İTÜ) Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Bölümünden (1992) mezun olmuştur.
1992-1994 yılları arasında Devlet Hava Meydanları İşletmesi (DHMİ) Genel Müdürlüğü Dalaman Havalimanında Elektronik Mühendisi olarak görev yapmıştır.
Yüksek Lisans ve Doktorasını Karadeniz Teknik Üniversitesi (KTÜ), Fen Bilimleri Enstitüsü Elektrik-Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalında sırasıyla 1996 ve 2001 yıllarında tamamlamıştır.
1994-2002 yılları arasında Gazi Osmanpaşa Üniversitesinde Öğretim Görevlisi, 2002-2010 yıları arasında Zonguldak Karaelmas Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Elektrik-Elektronik Mühendisliğinde öğretim üyesi olarak görev yapmıştır.
28 Kasım 2010-4 Ekim 2017 tarihleri arasında Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Rektörü olan Özer, 1 Ağustos 2015-1 Ağustos 2016 tarihleri arasında Üniversitelerarası Kurul (ÜAK) Başkanlığı yapmıştır.
Mesleki Yeterlilik Kurumu (MYK) Yönetim Kurulu Üyeliği ve Başkan vekilliği ve Türk Standartları Enstitüsü (TSE) Genel Kurul Üyeliği görevlerini de yürüten Özer, 4 Ekim 2017 tarihinde Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) Başkanlığı görevine atanmıştır.
Halen İslam Dünyası Yükseköğretim Kalite Güvence Ajansları Birliği (AQAAIW) Başkanı olan Özer, 8 Ağustos 2018 tarihinde Milli Eğitim Bakanlığı Bakan Yardımcılığına atanmıştır.
Mahmut Özer, Cumhurbaşkanı Erdoğan imzasıyla Resmi Gazete’de yayımlanan kararname ile Milli Eğitim Bakanı olarak atanmıştır.