Madagaskar, Afrika'nın güneydoğu kıyısındaki bir ülke olan Mozambik'in yaklaşık 400 kilometre doğusundadır. Madagaskar, Mozambik Kanalı boyunca uzanan batı sınırı dışında her yönden Hint Okyanusu ile çevrilidir. Mozambik'e ek olarak, en yakın komşuları Komor Adaları ile Réunion ve Mauritius adalarıdır.
Madagaskar'ın başkenti Antananarivo, adanın merkezinde yer almaktadır. Tepeler ve dağlar adanın ortasının çoğunu kaplar. 2.876 metre ile Maromokotro Dağı, ülkenin en yüksek dağıdır.
Madagaskar'da yaşayan bitki ve hayvanların neredeyse yüzde 90'ı dünyanın başka hiçbir yerinde bulunmuyor. Bunun nedeni, güçlü okyanus akıntılarının adayı Afrika kıtasından izole etmiş olması ve bu nedenle orada yaşayan türlerin adanın sınırlarının ötesine geçmemiş olmasıdır.
Yemyeşil yağmur ormanları, kuru çöller ve çimenli ovalar, kıyı şeridi boyunca uzanan mercan resifleri ve mangrov ormanları ile adayı kaplar. Madagaskar'ın en ünlü hayvan türü olan lemurlar sadece Madagaskar'da yaşar ve adadaki hemen her habitatta bulunabilir. Adayı en çok temsil ettiği düşünülen tür Madagaskar'ın ulusal ağacı olan baobab ağacıdır. Ağacın kalın, düz gövdesi yağmur suyunu topladıkça şişe şeklini alıyor.
Ormansızlaştırma ve kaçak avlanma ya da hayvanların yasadışı olarak öldürülmesi Madagaskar'ın habitatının ve vahşi yaşamının çoğunu tehdit ediyor.