Makedonya bölgesi binlerce yıldır insan yerleşiminin yeri olmuştur. MÖ 1. yüzyıl boyunca Makedonya bölgesi, Daçyalılar, Trakyalılar, İliryalılar, Keltler ve Yunanlılar gibi halk karışımları tarafından dolduruldu. Bu köklü tarihi geçmişten sonra, 13. yüzyılda Anadolu'da doğan Osmanlı İmparatorluğu, 1354'te Avrupa'ya bir adım attı. 1362'de Edirne, Osmanlı'nın oldu. Bu temelden hareketle bu Türk ve İslam devletinin gücü giderek genişledi.
Askeri açıdan bakıldığında, Sırp devletlerinin en önemli yenilgisi 1371'de yapılan Çirmen Savaşı'dır. Bu savaş sayesinde Osmanlı'nın Balkanlardaki fetihleri kolaylaşmıştır. Konstantinopolis 1453'e kadar Osmanlı Türklerinin eline geçmedi, ancak 14. yüzyılın sonunda Makedonya bölgesi Osmanlı İmparatorluğu'na dahil edildi. Böylece, birçok bakımdan Makedon tarihinin en istikrarlı dönemi olan Osmanlı çatısı altındaki dönem başladı.
Yarım bin yıllık temas sonucunda Türklerin Makedonya'da dil, yemek ve günlük yaşamın diğer birçok yönü üzerinde derin bir etkisi oldu. 19. yüzyılın son yıllarında Makedonya'da çatışma ve kafa karışıklığı derinleşti. Türk imparatorluğu çürürken, Sırbistan , Yunanistan ve Bulgaristan, Osmanlı yönetiminin sonunu kaçınılmaz olarak takip edecek olan Makedonya'nın yaklaşan bölünmesinden bölgesel olarak yararlanmaya çalıştı. Aynı zamanda, bu üç devletin her biri Avrupa büyük güçlerinin emelleri için iz süren atlar haline geldi.
Çatışan çıkarlarına rağmen, 1912'de Sırbistan, Karadağ, Yunanistan ve Bulgaristan, Osmanlı Türklerini Avrupa'dan kovma niyetini açıkça taşıyan bir dizi gizli ikili anlaşma imzaladılar. 1913'teki bölünme savaşın sonunda 1918'de yeniden teyit edildi. 1920'lerde Türkiye, binlerce Yunanlı yerleşimciye Güney Makedonya'da toprak verdi. Hem Sırbistan hem de Yunanistan, birçok eski Türk toprak sahibinin savaş nedeniyle yerinden edilmesinden veya sınır dışı edilmesinden yararlandı.
1941'de savaş Balkanlar'ı yeniden etkisi altına aldığında, Yugoslavya, bu kez Mihver güçleri ve müttefikleri arasında yeniden bölündü. Bölgenin etnik karmaşıklığı, bölünme ve yabancılar tarafından manipüle edilme tarihiyle birlikte, yerel halkın moralini bozmuş ve çatışmalara yol açmıştı. 1945'te bölge, bu kez komünist kontrol altında, Yugoslavya'ya yeniden dahil edildi.
1990'ların başında Yugoslavya'dan ayrılma çabaları baş gösterdi. Diğer Yugoslav cumhuriyetlerinin aksine, Makedonya Cumhuriyeti 8 Eylül 1991'de barışçıl bir şekilde egemen ve bağımsız bir devlet olarak kuruldu.