Salih Zeki Bey nesnel bir yaklaşımda Türklerin ve Müslümanların bilime katkılarını tespit etmeye çalışmış ve çağdaş Türk bilim tarihçiliğinin kurucusu olmuştur. Araştırmacılar için bugün de güvenilir bir kaynak olan Asar-ı Bakiye (Ölmez Eserler) adlı eseri bırakmıştır. Bilim felsefesi ile uğraşmış, Henri Poincaré ve Alexis Bertrand'ın eserlerini çevirerek bilim felsefesinin Türkiye'de tanınması ve yaygınlaşmasına katkıda bulunmuştu.
Dört yaşında iken annesini, altı yaşındayken babasını kaybetti. Büyükannesi onu önce mahalle mektebine gönderdi, ancak yaramazlığından ötürü öğretmeninin isteğiyle okuldan alınıp bir esnafın yanında çıraklığa verildi.
Yaramaz olduğu için okuldan atılan çocuğun matematiğe olan yeteneği Darüşşafaka’da keşfedildi. Darüşşafaka’da matematik dersleri veren Riyaziyeci Mehmet Nadir Bey, onunla özel olarak ilgilendi ve o mezun olana kadar Darüşşafaka'dan ayrılmadı.
1883 yılında Nezaretin Avrupa’da uzman telgraf mühendisi ve fizikçi yetiştirme kararı üzerine birkaç arkadaşıyla birlikte Paris'e gönderildi ve burada Politeknik Yüksekokulu’nda elektrik mühendisliği öğrenimi gördü. Bu okulda üstün zekasıyla dikkat çekti ve 'Zeki' lakabı, bu okulda eğitim görürken arkadaşları tarafından kendisine verildi, böylece Salih Zeki olarak anılmaya başladı.
1903'te büyük oğulları Ayetullah (ö. 1985), 1904'te ikinci oğulları Hikmetullah Togo dünyaya geldi. 1908- 1909 yıllarında yoğun bir çalışma dönemine girerek Darülfünun'da çok sayıda ders verirken değişik alanlarda ve seviyelerde pek çok ders kitabı yayımladı.
1910'da Mekteb-i Sultanî (bugün Galatasaray Lisesi) müdürlüğüne atandı. Aynı yıl, Salih Zeki Bey'in ikinci bir evlilik yapmak istemesi üzerine Halide Hanım ile dokuz yıllık evliliği sona erdi.
1910 -1912 yılları arasında Türkiye'de çağdaş fiziğin temel konularını ayrıntılı biçimde tanıtan çok sayıda ders kitabı yayımlayarak fizik alanında da öncü oldu.
1913 yılında yayımlamaya başladığı Asar-i Bakiye adlı yapıtında Ortaçağ İslam Dünyası’nda yapılan matematik ve astronomi çalışmalarını sergiledi.
Kabri, Fatih Cami Haziresi’ndedir. Burada Darüşşafaka’nın kurucularından Gazi Ahmet Muhtar Paşa ve öğretmenlerinden Ahmet Mithat Efendi ile birlikte yatmaktadır.
Vefatının 100. Yılında Salih Zeki’yi saygıyla anarken, siz de Salih Zeki gibi nice çocuğun yolunu eğitimle açan Darüşşafaka’ya buradan destek olabilirsiniz.