Kılıç Arslan'ın başarıları Mardin Artuklu Beyi İlgazi ile Halep Selçuk Emiri Rıdvan'ı rahatsız etti ve bu Beyler Emir Çavlı'ya katıldı. Daha sonra bu destekle kuvvetleri artan Emir Çavlı, Kılıç Arslan'a itaat eden Rahle şehrini kuşatma sonrasında 1107 yılında ele geçirdi. Gelişen bu olayları haber alınca Emir Çavlı'nın üzerine yürümeye karar verdi. Kılıç Arslan, 11 yaşındaki oğlu Mesud'u (veya Şahin Şah) melik ve Bozmış Bey'i kumandan olarak tayin etmiş, yanlarında 6.000 süvari bırakmıştır. Zevcesi de oğluyla beraber Musul'da kalarak anlaşma gereğince Bizanslılar ile beraber Haçlılar ve Bohemond'a karşı gönderdiği kuvvetlerini kendisine iltihaka çağırmıştır. Düşman kuvvetlerinin sayıca çok olmasına rağmen Anadolu'da dağınık halde bulunan kuvvetlerinin gelmesini beklemeden Halep'den Melik Rıdvan ve Artuklu İl-Gazi'nin kuvvetlerini yanına alarak ilerleyen Çavlı'ya karşı harekete geçmiştir. Kılıç Arslan rakibine nazaran daha az bir kuvvete sahipti ve Bizanslılar'la beraber olan askerleri kendisine henüz iltihak etmiş değildi. Buna rağmen yaz mevsiminin sıcağında, 13 Temmuz 1107 tarihinde Kılıç Arslan başlarda üstünlüğe elinde tutuyordu. Fakat Kılıç Arslan'a bağlılıklarını bildiren Doğu Anadolu beyleri şimdi eskiden bağlı oldukları Büyük Selçuklu sultanı Muhammed Tapar'ın kumandanı Çavlı'nın askerlerinin sayıca çok olmasından da endişeye kapılarak taraf değiştirdiler ve Sultan'ın bozguna uğramasına sebep olmuşlardır. Bu tehlikeli duruma rağmen Kılıç Arslan atılganlık göstermiş ve bizzat Çavlı'nın üzerine atlayarak onun savaş gömleğini (Kezagand) kesmiştir. Buna rağmen muharebenin sonucu değişmemiş ve Kılıç Arslan çekilmeye karar vermiştir. Bu çekilme sırasında atıyla Habur Çayı'nı geçmek isterken, 14 Haziran 1107 günü kendisinin ve atının zırhlarının ağırlığı sebebiyle boğularak ölmüştür. Birkaç gün sonra kıyıya vuran cesedi; civardaki Şemsaniyye köyüne ve oradan tabuta konarak Meyyafarkin'e (Silvan) götürülerek defnedilmiştir. Meyyafarkin valisi bulunan atabeyi Kılıç Arslan'a bir türbe yaptırmış ve bu türbe 'Kubbet us-Sultan' adını almıştır. Daha sonra bu türbeye birçok Türk büyüğü ve bizzat Kılıç Arslan'ın kızı Sa'ide Hatun 1130 yılında defnedilmiş, buraya bir zaviye yapılmıştır. İlerleyen zamanlarda büyüyen bu yere Sultan mahallesi denmiştir.
Emir Çavlı, kazandığı bu zaferden sonra Musul üzerine yürümüş ve mukavemet edemeyeceğini anlayan Bozmış Bey, şehri teslim ederek Kılıç Arslan'ın zevcesi ve küçük oğlu Tuğrul-Arslan'ı Malatya'ya götürmüştür. Kılıç Arslan'ın diğer oğlu Mesud (Şahin Şah) ise Çavlı tarafından yakalanıp Sultan Muhammed Tapar'a göndermiştir. Ahlat beyi Sökmen; 1109 Mayıs ayı esnasında, şiddetli bir kış içinde süren yedi aylık bir kuşatma sonucu Kılıç Arslan'ın atabeyi Humar-taş'ın elindeki Meyyafarkin'i almış ve onun me'un, a'şar, kist, darbhane, ihtisab ve emlak vergilerini kaldırmıştır. Kılıç Arslan; babası Süleyman Şah gibi Büyük Selçuklular'a karşı hakimiyet mücadelesine ve rekabete girişmiş, bu yolda iddialı bir şekilde ilerleyerek Musul'u topraklarına katmış ama daha fazla ilerleyemerek mağlup olmuş ve Habur Çayı'nı geçerken boğularak ölmüştür. Anadolu Selçukluları'nın mağlup olduğu ve Kılıç Arslan'ın, Habur Çayı'nda boğularak vefat ettiği savaştan sonra Büyük Selçuklu ülkesinde, Emir Çavlı'nın yine mağlup olduğu ve Kılıç Arslan'ın Bağdat şehrini işgal ettiği şeklinde bazı dedikodular yayılmış ve bunun üzerine endişelenen dönemin Büyük Selçuklu sultanı Muhammed Tapar; Haşhaşiler'e karşı ilan ettiği cihad hareketini durdurmuş ama Kılıç Arslan'ın zafer kazandığı şeklindeki haberlerin asılsızlığını öğrenince cihada devam etmiştir.
Kılıç Arslan'ın Anadolu'ya gelişi, Türkler arasında nasıl bir sevinç yarattıysa ölümü de o derece bir hüzün ve matem yaratmıştır. Kılıç Arslan; Türkler arasında nasıl sevildiyse aynı şekilde egemenliği altında yaşayan diğer milletlerce de çok sevilmiştir. Öyle ki Ermeni tarihçisi Urfalı Mathieu; 'Ölümü Hristiyanlar için bir yas oldu. Zira bu hükümdar çok alicenap ve hayırseverdi.' der Yine Kılıç Arslan'ın, Haçlılar'ın İznik kuşatması öncesinde gerçekleştirdiği Malatya muhasarası esnasında şehrin Süryanileri, şehrin hakimi Gabriel yerine Kılıç Arslan'ı tercih etmişlerdir.Kılıç Arslan'ın ölümüyle beraber memleket, Süleyman Şah'ın ölümünden sonrakinden bile daha beter bir buhran yaşamıştır. Kılıç Arslan'ın ölümü esnasında Şahin Şah, Mesud, Arap ve Tuğrul Arslan adlı dört oğlu bulunmaktaydı. Bazı kaynaklar Göksün adlı bir oğlu daha olduğunu da rivayet etmektedir
Kaynak: Wikipedia