Karanfil sadece yemeklere lezzet katmaz, aynı zamanda sağlığa birçok yararı bulunur. Sindirim enzimlerini tetikleyen karanfil, sindirimi kolaylaştırır. Hazımsızlık, şişkinlik, bulantı gibi durumları hafifletir. Beyaz kan hücrelerinin miktarını arttırır ve bağışıklık sisteminin güçlenmesini sağlar. Aynı zamanda antibakteriyel özellikte bir baharat olduğu için vücudu zararlı bakterilere karşı da korur. Yapılan araştırmalarda kanser tedavileri üzerinde de yapıcı bir etkisi olduğu belirlenmiştir. Özellikle akciğerde oluşan kötü huylu tümörlerin erken evrelerinde tedaviyi hızlandırdığı tespit edilmiştir.
Diyabet hastaları tarafından tüketilen bir baharattır. Karanfil, kan şekerinin düşmesi veya yükselmesini engelleyerek dengelemesini sağlar. Genellikle ileri ki yaşlarda meydana gelen kemik erimesi riskini en aza indirger. Karanfilin ağrı kesici etkisi de bulunur. Özellikle diş ve diş eti ağrılarını hafifletir. Vücutta mantarların üremesini engeller. İshal, ülseratif kolit gibi çeşitli bağırsak hastalıklarının tedavisinde önerilir. Stres, yorgunluk ve halsizlik gibi durumları ortadan kaldırır. Karanfilin afrodizyak etkisi olduğu belirlenmiştir. Bu nedenle cinsel istek ve gücün arttırılması içinde tüketilebilir.
Karanfil her ne kadar yararlı bir baharat olsa da fazla tüketildiğinde çeşitli zararları dokunabilir. Karanfil, kan inceltici özelliğe sahiptir. Bu nedenle aşırı tüketildiğinde kanamalara sebep olabilir. Ayrıca kanama bozukluğu yaşayan ve kan sulandırıcı ilaç kullanan kişiler tarafından tüketilmemesi gerekir. Böbrek ve karaciğerde toksit zehirlenmeye yol açabilir. Her ne kadar nefesi açmak için tüketilse de diş etlerinde ve dişlerde de çeşitli hasarlara neden olabilir.