Karadağ bayrağı, ülkenin milli kimliğini temsil eden önemli sembollerden biridir. Bayrağın tasarımı, 2004 yılında yapılan bir yarışma sonucunda seçilmiştir ve 13 Temmuz 2004 tarihinde resmi olarak kabul edilmiştir.
Ancak, Karadağ bayrağına giden yolda uzun bir tarih yatmaktadır. Tarihi olarak, Karadağ bayrağı ilk olarak 12. yüzyılda kullanılmıştır. O dönemde, bugünkü Karadağ toprakları, Sırp Prensliği'nin bir parçasıydı ve Sırp bayrağı kullanılmaktaydı.
Daha sonra, 15. yüzyılda Osmanlı İmparatorluğu'nun egemenliği altına giren bölgede, Osmanlı bayrağı kullanılmaya başlandı. Ancak, 19. yüzyılda Karadağ, Osmanlı İmparatorluğu'ndan bağımsızlığını kazandı ve kendi bayrağını seçme özgürlüğüne kavuştu.
Karadağ'ın ilk milli bayrağı, ülkenin bağımsızlığına atıfta bulunan kırmızı bir zemin üzerine yerleştirilmiş altın bir haçtan oluşuyordu. Bu bayrak, ülkenin Hristiyan geleneğine işaret ediyordu. Ancak, 1918 yılında Karadağ Krallığı'nın Sırbistan Krallığı'na katılmasıyla birlikte, bayrak değişti.
Yeni bayrak, ülkenin milli kimliğini yansıtan kırmızı zemin üzerine yerleştirilmiş beyaz bir haçtan oluşuyordu. Bu bayrak, 1945 yılına kadar kullanıldı.
1945 yılında, Karadağ Sosyalist Cumhuriyeti kuruldu ve yeni bir bayrağa ihtiyaç duyuldu. Yeni bayrak, kırmızı zemin üzerine yerleştirilmiş altın bir yıldız ve orak-tanımlık sembollerinden oluşuyordu. Bu bayrak, Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti bayrağına benziyordu.
1992 yılında, Yugoslavya'nın dağılmasıyla birlikte Karadağ, tekrar bağımsızlığını kazandı ve yeni bir bayrak seçme kararı aldı. Bu kez, bayrakta tarihi olarak Karadağ'ın sembolü olan çift başlı kartal yer aldı.
2004 yılında yapılan bir yarışmanın sonucunda, günümüzde kullanılan kırmızı zemin üzerine yerleştirilmiş altın renkli çift başlı kartal olan Karadağ bayrağı seçilmiş ve resmi olarak kabul edilmiştir.