Kanuni Sultan Süleyman'ın bilinen 11 tane çocuğu vardır. İlk çocuğu ise 1512 yılında doğan Şehzade Mahmut'tur. Fülane Hatun'dan olan bu çocuk, geçirdiği bir hastalıktan kaynaklı doğduğu gün ölmüştür. Ayrıca Fülane Hatun'dan bir kızı olduğu ancak Süleyman'ın ilgilenmediği bilinmektedir. Bir diğer eşi olan Mahidevran Sultan'dan ise ikinci oğlu Mustafa,1515 yılında dünyaya gelmiştir. Şehzadeliğinde pek çok görevde bulunmuştur. Ancak tahta geçmek istediğine dair söylentiler yayılınca babası tarafından öldürülmüştür. Kanuni Sultan Süleyman'ın üçüncü çocuğu ise Şehzade Murat'tır. 1521 yılında doğan şehzade, birkaç ay sonra vefat etmiştir. Annesinin Gülfem Hatun olduğu bilinir ancak kesin bir bilgi değildir.
Hürrem Sultan'dan olan ilk çocuğu ise Şehzade Mehmet'tir.1521 yılında dünyaya gelmiştir. Sanata düşkünlüğü ile bilinen şehzade, 1543 yılında hayatını kaybetmiştir. Padişah'ın Hürrem Sultan'dan olan tek kızı Mihrimah Sultan ise 1522 yılında doğmuş, 1578 yılında ölmüştür. Tam tarihi kesin olarak bilinmese de 1522 ya da 1523 yılında doğduğu düşünülen bir diğer şehzade ise Abdullah'tır. Bu şehzade çok yaşamamış, doğumundan bir kaç yıl sonra ölmüştür.
Kanuni Sultan Süleyman'dan sonra tahta geçen oğlu ise III. Selim'dir. 1524 yılında doğmuştur ve Sarı Selim olarak da bilinir. 1574 yılına kadar padişahlık yapmıştır. Hürrem Sultan'dan dünyaya gelen bir diğer çocuk ise, Şehzade Bayezıd'tır. 1521 yılında doğan Bayezıd, kardeşi III. Selim ile girdiği taht mücadelesinde yenildikten sonra İran'a kaçmıştır. 1561 yılında ise padişah tarafından boğularak öldürülmüştür. 1531 yılında dünyaya gelen Şehzade Cihangir ise 1553'te ölmüştür. Hastalığı sebebiyle çok fazla sefere katılamamıştır.
Ayrıca Kanuni Sultan Süleyman'ın Raziye adında bir kızı olduğu da düşünülmektedir. Annesinin kim olduğu kesin olarak bilinmese de, 1524 yılında doğduğu ve 1573 yılında öldüğü tahmin edilir.