Pek çok farklı çeşidi bulunan kistler oluşma şekillerine göre ayırt edilmektedir. Bunun yanı sıra kistler farklı bölgelerde oluşur ve genel olarak buna göre isimlendirilmektedir.
Meme Kistleri: Meme dokusunda oluşan meme kisti pek çok ağrının nedeni olabilmektedir. İyi huylu ya da kötü huylu olabilir.
Yumurtalık ve Rahim Kistleri: Rahimde endometrium tabakasında ve yumurtalıkta karşılaşılan kisttir.
Beyin Kistleri: Beyinde oluşan bu kistler doğum sırasında ya da sonrasında meydana gelmektedir.
Dermoid Kistler: Vücutta en çok çene bölgesinde karşılaşılan dermoid kistler, vücutta pek çok farklı noktada da görülebilir. Genellikle sarımsı ya da kırmızımsı renk tonlarındadır. Bunun yanı sıra yumru şeklinde görülebilir.
Epidermoid Kistler: Burun, kaş ve göz bölgesinde karşılaşılan epidermoid kistler, el bileğinde ya da diz bölgesinde de görülebilmektedir. Sarımsı ya da kırmızımsı renkte görülebilen bu kistler yumru şeklinde olabilmektedir.
Böbrek Kistleri: Böbreğin yüzeyinde ya da farklı bir yerinde görülebilmektedir.
Hidatik Kistler: Akciğerler, kalp ve karaciğer gibi organlarda görülen en tehlikeli kist çeşididir.