Tarih boyunca birçok medeniyete ev sahipliği yapmış İstanbul dini yapılarıyla da dikkat çekiyor. İstanbul medeniyetlerin kaynaştığı yer olarak nitelendirilse de egemen olan kültürün bir başka kültürü ister istemez asimile etmesi kaçınılmaz son. İşte tam da bu sebepten Bizans Dönemi'nde kilise olan birçok yapı, şehir Türklerin eline geçtikten sonra zaman içinde camiye çevrilmiş.
Daha önce yapılan 2 Ayasofya'nın çeşitli sebeplerle tahrip olup yıkılmasından sonra imparator I. Jüstinyen tarafından 6. yüzyılda inşa ettirilen bu 3. yapı günümüze kadar gelmeyi başarmıştır. Fatih'in İstanbul'u fethinden hemen sonra camiye çevrilen bu yapı 1 Şubat 1935'te müze olmuştur.
Pantepoptes Manastır Kilisesi adıyla Komnenos Hanedanı'nın kurucusu Aleksios Komnena tarafından 1081-1087 yılları arasında inşa ettirilen bu yapı İstanbul'un Zeyrek semtinde bulunmaktadır. Fatih Sultan Mehmet döneminde medrese olarak kullanılan Zeyrek Camii'nin imarethanesi olarak kullanılmış, daha sonra Fatih medreseleri yapılınca cami olmuştur.
İstanbul'un Zeyrek semtinde bulunan bu yapı 1118 ve 1124 tarihleri arasında imparator II. Yannis Komnenos'un eşi Irene tarafından inşa ettirilmiştir. Pantokrator Manastır Kilisesi adı verilen bu yapı İstanbul'un fethinden sonra medrese olarak kullanılmış daha sonra Fatih Külliyesi'yle birlikte yeni medreselerin yapımı tamamlanınca camiye çevrilmiştir.
Bu yapının Aziz Thedoros'a adandığı düşünülmektedir. Araştırmacılara göre duvar işçiliği dolayısıyla I. Aleksios Komnenos atfedilen yapı fetihten sonra Fatih Sultan Mehmet'in hocası Molla Gürani tarafından camiye çevrilmiş ve onun adıyla anılmaya başlamıştır. 19. yüzyılda yangın dolayısıyla tahrip olan yapı 1937 yılında kısmi bir restorasyon geçirmiştir.
İstanbul'un Galata semtinde bulunan bu caminin önceki adı San Paolo Kilisesi'dir. 717 yılında inşa edilmiş yapı İstanbul'u kuşatan Araplar tarafından yaptırılmış ve İstanbul'un ilk camisi olmuştur. Kuşatmanın ardından Dominiken papaz ve rahipler tarafından kiliseye çevrilen yapı, fetihten sonra 1475'te cami olarak kullanılmaya başlamıştır.
Bizans Dönemi'ndeki adı Pammakaristos Manastırı olan yapı İstanbul'un Çarşamba semtinde bulunmaktadır. 13. yüzyılın sonlarında Bizans'ın önde gelenlerinden Mihail Glabas Tarkaniotes tarafından inşa ettirilmiştir. İstanbul'un fethinden sonra 1454 yılında patrikhane olarak kullanılmış, 1601 yılında İran Savaşları'yla Gürcistan ve Azerbeycan'ın fethedilmesiyle, fethin hatırası olarak camiye dönüştürülmüştür.
Tam yapım tarihi bilinmese de 6. yüzyıl olarak düşünülmektedir. Önceki adı Andreas Manastırı'dır. İkonoklazma döneminde oldukça tahrip olan yapı 1486'da camiye dönüştürülmüştür.
I. Jüstinyen'in karısı Theodora tarafından 527-536 yılları arasında inşa ettirilen yapı İstanbul'un Küçük Ayasofya semtinde bulunmaktadır. 1497'de II. Bayezid döneminde camiye çevrilmiştir.
Tarihi 6. yüzyıla kadar uzanan Kariye(Chora) Kilisesi'nin günümüze ulaşmış hali Osmanlı Dönemi'nde ve 20. yüzyılın ikinci yarısında geçirdiği onarımlar sonucudur. İlk önce manastır olarak 534 yılında Justinianus döneminde Aziz Teodius tarafından yapılmıştır. 11. yüzyılda I. Aleksios'un kayınvalidesi Maria Dukaina tarafından yeniden inşa ettirilmiştir. 1511 yılında ise Sultan II. Bayezid sadrazamlarından olan Atik Ali Paşa tarafından camiye çevrilmiştir.
Doğu Roma Dönemi zamanından İstanbul'da ayakta kalmış en eski dini yapıdır. 454 yılında yapılmıştır ve asıl adı Vaftizci Yahya Kilisesi'dir. II. Bayezid döneminde İmrahor İlyas Bey tarafından camiye çevrilmiştir.
908 yılında Bizanslı amiral Konstantinos Lips, dönemim imparatoru VI. Leon huzurunda inşaatı başlattı. Yapı Bakire Theotokos'a adandı. 1497-1498 yıllarında II. Bayezid döneminde yapının güney kilise olarak adlandırılan bölümü Molla Şemseddin Fenari'nin yeğeni Rumeli kadıaskeri Fenarizade Alaaddin Ali bin Yusuf Efendi tarafından mescide çevrildi. Bir yangında tahrip olan yapı 1636 yılında sadrazam Bayram Paşa tarafında onarıldı ve aynı dönem camiye dönüştürüldü.
İstanbul'da Laleli yakınlarında Doğu Roma Dönemi'nden kalma bu dini yapı 10. yüzyılda Myrelaion Manastır Kilisesi olarak İmparator Romanos Lekapenos tarafından yaptırılmıştır. II. Bayezid döneminde Sadrazam Mesih Paşa tarafından camiye çevrilmiştir.
18. yüzyılda Osmanlılar tarafından camiye çevrilen bu yapının inşa tarihi kesin olarak belli olmamakla birlikte 9 veya 10. yüzyılda yapıldığı düşünülmektedir ve yapının ilk hali muhtemelen Theotokos Kyriotissa'ya adanmıştı.