Ancak Dublin'e geldiğinde, İrlandalı bir sosyalist olarak milliyetçilikle başa çıkmak zorunda kaldı. İskoçya'daki ilk aktivist yılları, İrlanda'ya veya İrlanda politikasına özel bir ilgi göstermediğini gösterdi, ancak çocuklarına verdiği İrlandalı isimler, güçlü bir etnik bilincin işareti olarak düşünülebilir. Bununla birlikte, İrlanda'ya varışından itibaren Connolly'nin, İrlanda siyasi yaşamını hakim kılan ideolojiye karşı bir tavır alması gerekiyordu.
Connolly, İrlanda'daki sosyalizmin ve işçi sınıfının geleceğinin, Birleşik Krallık ile devam eden birliktelikte değil bağımsız bir cumhuriyette yattığı görüşüne vardı. Bu görüşü, Dublin Sosyalist Kulübü'nü dağıtarak yerine İrlandalı Sosyalist Cumhuriyet Partisi'ni (ISRP) kurma kararında görülüyordu.