İlker Canikligil, ilk kısa filmini 1992 yılında üniversite sıralarında çekti. Nöbetçi adlı filmin ardından 1994 yılında Ağaç, 1995 yılında Uçmak İstiyorum çektiği kısa filmler arasında yerini aldı. Üniversiteden sonra ise reklam sektöründe yerini aldı.
Canikligil, yönetmenlik kariyeri boyunca Ağaç adlı kısa filminden itibaren çeşitli ödüller aldı. Adı ilk kez 1994 yılında gerçekleştirilen 8. Altın Koza Film Festivali'nde geçti. 2006 yapımı Gen adlı sinema filmi ile 13. Altın Koza Film Festivali'nde En İyi Kurgu ödülünü aldı.
İlker Canikligil, 1999 yılında İstanbul Bilgi Üniversitesi Sinema ve Televizyon bölümünde ders verdi ve 2006 yılında akademik kariyerinden istifa etti. Bu yıldan itibaren ise reklam yönetmeni olarak pek çok ajansta çalıştı.
2010 yılında Bahçeşehir Üniversitesi Fotoğraf ve Video bölümünde sinematografi dersleri verdi. Buradan 2014 yılında ayrıldı ve İstanbul Film Akademi'de yönetmenlik dersleri verdi. 2019 yılında ise YouTube kanalı FluTV'de içerik üretmeye başladı.