Osmanlı bu yeni elçiyi tanıyarak, Fransa Cumhuriyeti'ni de resmen tanımış oldu. Monarşi imparatorlukları Fransa'daki ihtilalden, kendilerine de tesir edebilir korkusuyla, rahatsızdılar. Özellikle Rusya bu konuda Osmanlı'yı yanına çekmek istiyordu. Osmanlı ise bu devletler arasında sıkışmıştı. Oluşan şartlara göre konumlanıyor ve en faydalı tarafta durmaya çalışıyordu.
24 Mart 1797'de gemiyle yola çıkan Ali Efendi'nin yolculuğu tam 52 gün sürdü. Bir süre de Marsilya'da bekletildikten sonra 13 Temmuz 1797'de Paris'e ulaştı. Bu sırada Fransa'nın yeni Dışişleri Bakanı da Talleyrand olmuştu. Cumhuriyetin de yıldönümüne denk gelmesi hasebiyle, Seyid Ali Efendi'nin kabulü bayram kutlamalarıyla birleştirilmiş ve çok coşkulu bir havada tören gerçekleşmiştir.
Herkes bu Türk elçiyi görmek için meydanlara akın ediyordu. Kıyafeti, görünüşü, tavırları Fransız basınında ve kamuoyunda ilgi odağı olmuştu. Fakat bu ilk günlerdeki aşırı ilgi ve alaka 1-2 ay sonra azalarak bitti ve her şey normal seyrine döndü.
Tercümanlar Türk değildi ve Fransa Dışişleri Bakanı Talleyrand onları elde etmeyi başardı. İstediğinde Osmanlı elçisini yanlış yönlendirebiliyor ve manupülasyonlara uğratabiliyordu. Bu durum ilerleyen süreçte Seyid Ali Efendi'yi hatalara sevkedecek ve onu hem padişaha hem devlete karşı zor durumda bırakacaktır.
Napoleon'un Malta'yı zaptetmesi dört bir yanda duyulmuştu ve seferin Mısır'a devam edeceği söylentileri etrafta dolaşıyordu. Elçi Seyid Ali Efendi bunun üzerine hemen Fransa Dışişleri Bakanı Talleyrand'a gitti ve konu hakkındaki kaygılarını iletti.
Bu görüşmede Talleyrand şunları söyledi: ''Osmanlı ve Fransa eskiden beri dostlardır. Böyle bir iftirayı atanlar derhal cezalandırılacaktır. Çünkü bu iki eski dostun arasını bozmaya çalıştılar. General Bonaparte'a biz Mısır hakkında bir emir vermedik. Tek amacı Malta'daki bizim aleyhimize çalışan hükumeti zapt ve Akdeniz'deki korsanlıkları önlemektir.''
Fakat Napoleon çoktan Mısır'ı vurmuştu. Hatta Akdeniz'de İngiliz donanması ile çatışmışlar ve Fransa'nın birçok gemisi harap olmuştu. Bu haberlerden birkaç gün sonra yine Seyid Ali Efendi'nin Fransa'nın Mısır'a gitmeyi planlamadığı yolunda bir mektubu daha geldi. Sadrazam kağıdın sol üst kenarına ''Elçimiz Mısır maddesinden haberdar olmadığından hala Fransızlar tarafından kandırılmaktadır'' diye devam eden bir bilgi notu ekledi ve mektup padişah III. Selim'e gönderildi. Padişah ise kağıdın sağ köşesine şu notu yazdı '''pek eşek herif imiş.''
1802'de İstanbul'a geri dönen Seyid Ali Efendi, geri kalan yıllarını III. Selim taraftarlığıyla geçirdi. Fakat muhaliflerle de görüşüyor, her iki tarafa da oynamak istiyordu. Nitekim 1807'de III. Selim tahttan indirilirken birçok yenilik taraftarı da katledildi, fakat Seyid Ali Efendi'ye dokunulmadı.
II. Mahmud'un iktidarını tehdit eden ve sadrazamın dahi öldürüldüğü 1808 sonundaki isyanda, Seyid Ali Efendi'nin Yeniçerilerle de işbirliğinde olduğu anlaşıldı. İstanbul'dan kaçan Seyid Ali Efendi Çanakkale'ye kumandan tayin edildiği söylenilerek affedildi. Fakat bu bir tuzaktı ve ölüm emri verilmişti. 1809'da başı kesilerek idam edildi.