İbrahim Kalın, lise eğitimin ardından İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümüne girdi. Buradan 1992 yılında mezun olduktan sonra yüksek lisans yapmak için Malezya'ya gitti. Malezya'da bulunan İslam Üniversitesi'nde felsefe alanında yüksek lisans yaptı. Yüksek lisans eğitiminden sonra, Türkiye'ye dönüş yaptı.
ABD'de bulunan George Washington Üniversitesi’nde karşılaştırmalı beşeri bilimler ve felsefe alanında doktora çalışmalarına katıldı. 2002 yılında Molla Sadra’nin Bilgi Teorisi ve Anti-Subjektivist bir Epistemolojinin İmkanı isimli teziyle doktorasını aldı. Türkiye Diyanet Vakfı İslam Araştırmaları Merkezi'nde çeşitli araştırmalar yapan Kalın, Georgetown Üniversitesi, Bilkent Üniversitesi'nde, College of the Holy Cross'da İslami düşüncesi ve İslam- Batı felsefesi üzerine dersler verdi.
2005 yılından 2009'a kadar Siyaset, Ekonomi ve Toplum Araştırmaları Vakfı'nın kurucu başkanı olarak görev aldı. İslam ve Batı isimli kitabıyla Türkiye Yazarlar Birliği tarafından Fikir Ödülü'ne layık görüldü. Ahmet Yesevi Üniversitesi'nin mitevelli heyeti üyeliğine 2011 yılında getirildi. 2019 yılında beri İbn Haldun Üniversitesinde öğretim görevlisi olarak dersler veren Kalın, 2020 yılında profesör unvanını aldı.