Hüseyin İnan, 1968 yılında TİP ve MDD içindeki ayrılıklarda kendi düşüncelerini geliştirdi. Gizli ve dar örgüt fikri ile çekirdek grup oluşturmayı düşünen ve kır gerillası yoluyla savaşmayı planlayan Hüseyin İnan, özellikle MDD düşüncesinden hiç vazgeçmedi.
Fikri mücadeleden silahlı mücadele yoluna doğru ilerleyen Hüseyin İnan, THKO isimli Türk sosyalizm tarihindeki ilk silahlı örgütü Sinan Cemgil ile oluşturdu.
Bu grubu kurunca aynı yıl İdari Bilimler Fakültesinden atıldı. Sinan Cemgil, Deniz Gezmiş ve Yusuf Aslan ile birlikte ODTÜ'nün yurdunda kalmaya devam ettiler.
El-Fetih'te gerilla eğitim kamplarına giden Hüseyin İnan, burada aldığı eğitimleri sonucunda İsrail'e karşı yapılan baskınlarda etkin rol oynadı.
Şubat 1970'te ise Türkiye'ye geri döndü. Diyarbakır - Gaziantep yolu üzerinde otobüste yakalanan Deniz Gezmiş, ilk yakalanışının ardından tahliye edildi.