HEKTAŞ, 1956 yılında beşeri ilaç üretimi ve pazarlaması için Adana'da kuruldu. 1962 yılında ise, tarım ilaçları üretimi için İstanbul Cevizli'de ilk üretim tesisini kuruldu.
Şirket, Türkiye'nin en büyük sanayi gruplarından biri olan OYAK iştirakleri arasında yer alıyor. 1963 yılında HEKTAŞ'ın ortakları arasına giren OYAK, 1981 yılında yüzde 53,8 hisse ile en büyük ortak durumuna geldi. Aynı yıl HEKTAŞ hisseleri halka açıldı, 1986 yılında ise hisse senetleri İstanbul Menkul Kıymetler Borsası’nda işlem görmeye başladı.
Sektöründe lider pozisyona gelen HEKTAŞ'ın İstanbul'daki fabrikası yeterli gelmeyince, Gebze Organize Sanayi Bölgesi'nde yer alan yüksek kapasiteli modern tesise geçildi.
2005 yılında hayvan sağlığı, 2017 yılında ise bitki besleme ve tohum bölümleri oluşturuldu. 2022 yılında HEKTAŞ, kuraklığa dayanıklı tohum üreten Avustralya merkezli Agriventis şirketinin yüzde 51'ini satın altı. Kısa bir süre sonra Özbekistan’daki HEKTAŞ Asia LLC şirketi için yatırımlar başladı. 2023 yılında ise 2017'de satın alınan Ferbis Tarım'ın halka arz süreci başladı.