MİT Kanunu'nun 14. Maddesi aynen şu şekilde bir ibareye sahip:
'İstifa
Madde 14 – MİT fiili kadrosuna atanan personelden; bu teşkilattaki göreve başladıkları tarihten itibaren beş yıl geçmeden istifa edenler veya istifa etmiş sayılanlar, görevle ilişkilerinin kesildiği tarihten itibaren beş yıl geçmedikçe Devlet memurluğuna alınamazlar. '
Hakan Fidan 7 Şubat 2015 tarihinde MİT Müsteşarlığı görevini yürütmekteyken istifa etti. Göreve tekrar geri dönmesi için 5 yıl MİT personeli olarak görev yapması gerekiyordu. Yani Hakan Fidan'ın MİT'te iş başlangıç tarihinin en geç 7 Şubat 2010 olması gerekmekteydi. Bazı kişilere göre Hakan Fidan 17 Nisan 2009 tarihinde göreve atandığı için bir sorun da bulunmuyordu. Ancak eldeki verilere göre Hakan Fidan bu tarihte göreve başlamadı..
Eldeki veriler gösteriyor ki Hakan Fidan'ın MİT'te 'MİT Müsteşar Yardımcısı' olarak göreve başlama tarihi 17 Nisan 2010. Bu sebeple Hakan Fidan'ın kanunen belirtilen süreyi doldurmadığı, kanunen görevine geri dönemeyeceği bu nedenle yürütmenin iptali istemiyle bir dava açılmış durumda.
18 Nisan 2010 tarihli Yeni Şafak Gazetesi'nin birinci sayfasında 'MİT'e Gençlik Aşısı' başlığı ile verilen haberde aynen şu ifadelere yer verildi:
'Milli İstihbarat Teşkilatı (MİT) Müsteşar Yardımcılığı'na süpriz bir isim atandı. Yaklaşık 2,5 yıldır Başbakanlık'ta müsteşar yardımcısı olan 1968 doğumlu Hakan Fidan bu göreve getirildi. Fidan, daha önce TİKA'da çalışmıştı.'
Sabah Gazetesi'nin Anadolu Ajansı'ndan aldığı ve internet sitesinde yayınladığı 17 Nisan 2010 tarihli haber 'MİT'te atama' başlığını taşıyor. Habere göre:
'Milli İstihbarat Teşkilatı (MİT) Müsteşar Yardımcılığına, Başbakanlık Müsteşar Yardımcısı Hakan Fidan atandı.
MİT Müsteşar Yardımcılığı görevine getirilen Fidan, yaklaşık 2,5 yıldır Başbakanlık Müsteşar Yardımcılığı görevini sürdürüyordu. Fidan, daha önce de 4 yıl süreyle Türk İşbirliği ve Kalkınma İdaresi Başkanlığı (TİKA) görevinde bulunmuştu.'
Habertürk gazetesinin 18 Nisan 2010 tarihli nüshasının birinci sayfasında yer alan haber 'MİT'in 002'si Hakan Fidan' başlığını taşıyor. Habere göre
'Başbakanlık Müsteşar Yardımcısı Hakan Fidan MİT Müsteşar Yardımcılığı'na atandı. Fidan'ın 27 Mayıs'ta emekli olacak Emre Taner'den sonra MİT'in başına geçmesi bekleniyor.'
18 Nisan 2010 tarihli Hürriyet gazetesinin birinci sayfasında yer alan haber 'Görevden Gururlandım' başlığını taşıyor. Haber metni aynen şöyle:
'Washington'daki Nükleer Güvenlik Zirvesi'nde Türkiye'nin şerpası (rehber) olarak adını duyuran Hakan Fidan Milli İstihbarat Teşkilatı'ndaki görevine dün resmen başladı. Fidan, 27 Mayıs'ta emekli olması beklenen Emre Taner ayrılana dek protokol gereği Müsteşar Yardımcısı olarak görev yapacak. Fidan, Hürriyet'e devletin takdirinin kendisini gururlandırdığını söyledi.'
18 Nisan 2010 tarihli Vatan Gazetesi'nin 'Astsubaylıktan MİT'in başına' başlıklı haberi aynen şu şekilde:
'15 yıl astsubay olarak görev yaptığı TSK'dan ayrıldıktan sonra bürokraside hızla tırmanan Hakan Fidan, MİT Müsteşar Yardımcılığı'na atandı.'
42 yaşındaki Hakan Fidan, TSK'dayken ABD'de Maryland Üniversitesi'nde yönetim ve siyaset bilimi okudu. Bilkent Üniversitesi'nde uluslararası ilişkiler alanında yüksek lisans ve doktora yaptı. TSK'dan ayrıldığı yıl Avustralya'nın Ankara Büyükelçiliği'nde siyasi danışman oldu.
Hakan Fidan 2,5 yıldır dış politika ve uluslararası güvenlik konularında Başbakanlık Müsteşar Yardımcılığı görevindeydi. 27 Mayıs'ta görev süresi dolacak MİT Müsteşarı Emre Taner'in yerine getirilmesi beklenen Hakan Fidan, MİT kökenli olmayan ikinci başkan olacak.'
Hakan Fidan'ın MİT Müsteşar Yardımcılığı'na atanmasını Taraf gazetesi 18 Nisan 2010 tarihinde manşetten duyurdu. Haberde aynen şu ifadeler yer aldı:
'42 Yaşında Kritik Göreve
MİT'e demokrat bakışın egemen olması için çalışan Müsteşar Emre Taner mayısta emekli olacak. Yerine, Başbakanlık Müsteşar Yardımcısı'yken MİT Müsteşar Yardımcılığı'na atanan 42 yaşındaki Hakan Fidan getirilecek.
Dünyaya ve Fikirlere Açık
Fidan'ın 15 yıl astsubaylıktan sonra gittiği Bilkent Üniversitesi'ndeki tez hocası Prof. Mustafa Kibaroğlu öğrencisini anlattı: Dünyayı yakından takip eder, fikirlere açıktır, demokrattır, açılımı sürdürür.'
17 Nisan 2010 tarihli Zaman Gazetesi gelişmeyi 'Yeni MİT Müsteşarı Hakan Fidan' diye duyuruyor. Haber metnine göre 'Milli İstihbarat Teşkilatı'nın başına Başbakanlık Müsteşar Yardımcılığı görevini yürüten Fidan getirildi.'
MİT Kanunu'nun 28'inci maddesi 'Bu kanun ile diğer kanunlarda aynı konuyu düzenleyen farklı hükümler bulunması hâlinde bu kanun hükümleri uygulanır' ibaresine sahip. Aynı kanunun 14'üncü maddesi ise 'MİT fiili kadrosuna atanan personelden; bu teşkilattaki göreve başladıkları tarihten itibaren beş yıl geçmeden istifa edenler veya istifa etmiş sayılanlar, görevle ilişkilerinin kesildiği tarihten itibaren 5 yıl geçmedikçe devlet memurluğuna alınamazlar' şeklinde düzenlenmiş durumda. Hakan Fidan MİT Müsteşar Yardımcılığı görevine 17 Nisan 2010 tarihinde başladığı ve 7 Şubat 2015 tarihinde istifa ettiği için bu kanunda belirtilen 5 yıllık süre dolmadan istifa ettiği görülüyor.
Bazı şahıslara göre Hakan Fidan '2839 sayılı Milletvekili Seçimi Kanunu’nun “Adaylık için görevden çekilmesi gerekenler” başlıklı 18. maddesine göre' istifa ederken bunu da dilekçesinde belirtti. Ancak MİT Kanunu'nun 28'inci maddesi açıkça bir konuda iki kanun varsa öncelikli olarak bu kanunun personele uygulanacağını ifade ediyor.
Uzmanlara göre, Hakan Fidan'ın MİT Müsteşarlığı'na geri dönmesi hukuka aykırı. Bu istemle açılmış bir dava da şu an mahkemeler tarafından görülüyor.