3 Temmuz 1793 gecesi, bir grup hükümet yetkilisi Marie Antoinette'in oğlunu götürmek üzere hücreye geldi. Küçük veliaht, sürgündeki kraliyet yanlıları tarafından XVII. Louis ilan edilmişti. Bu nedenle cumhuriyetçi hükümet, henüz sekiz yaşındaki çocuğu ayrı bir yerde tutmaya karar verdi. Louis histerik bir şekilde ağlayarak annesinin arkasına saklandı ve oğluna kalkan olan Marie Antoinette, iki saat boyunca onu yetkililere teslim etmedi. Sonunda yetkililer Marie Thérèse'yi öldürmekle tehdit edince pes etmek zorunda kaldı. Kraliçe o günden sonra oğlunu bir daha göremedi. Kısa süre sonra Marie Antoinette'in yargılama süreci başladı. Küçük Louis annesinden ayrılmasından iki yıl sonra, 1795'de, hapishanede öldü.
14 Ekim'de yargılanmasına başlandı. Mahkeme salonuna girdiğinde, herkes şok oldu. Erken yaşta çökmüş, bir deri bir kemik kalmış, bitkin ve harap bir vaziyetteydi. İddia makamı kırk tane şahiti tanık kürsüsüne davet etti. Elmas gerdanlık olayı ve sarayın kuşatması esnasında İsveç Muhafızları'nı sarhoş ettiği iddiaları gündeme geldi. En korkunç iddia ise Jacques Hébert'den geldi. Hébert kraliçeyi, öz oğluna cinsel taciz yapmakla itham etti. Sessiz kalan Marie Antoinette, yanıtlaması için baskı yapıldığında, 'Eğer yanıt vermediysem bu, bir anneye yapılan böyle bir suçlamayı, doğanın kendisinin bile yanıtlamayacağındandır' dedi.
Jüri, oybirliğiyle Marie Antoinette'i suçlu buldu ve 15 Ekim tarihinde, vatana ihanet suçuyla ölüm cezasına çarptırıldı. Görümcesi Elisabeth'e 'Vasiyet' olarak bilinen son mektubunu yazdı. Bu mektupta ailesine ve arkadaşlarına olan sevgisini dile getirdi ve çocuklarına öcünü almaya çalışmamaları için yalvardı.