İlk olarak geçirgen bağırsak sendromuna sebep olan durumlar ortadan kaldırılmalıdır. Bağırsak florasını bozan ve geçirgenliği arttıran besinlerin neredeyse tamamı şeker içermesi sebebiyle karbonhidrat tüketimi azaltılmalı.
Gluten, buğday, arpa, çavdar gibi birçok besinde bulunan ve bağırsak duvarına zarar veren bir besinlerdir. Gluten hassasiyeti geçirgen bağırsak sendromunda önemli şekilde rol oynar. Dolayısıyla gluten hassasiyeti olanların bu ürünleri tüketmemesi tavsiye edilir.
Doğal beslenme geçirgen bağırsak sendromu tedavisinde oldukça önemli. Doğal olmayan besinler çok fazla tarım ilacı, ağır metal ve benzeri zararlı bileşene maruz kalırlar. Dolayısıyla doğal olmayan besinler bağırsak duvarına daha fazla zarar verme potansiyeline sahipler.
Kolajen ve hasarlı hücre duvarlarını iyileştirmeye yardımcı olabilecek amino asit, proline, glisin ve glutamine içeren kemik suyu, geçirgen bağırsak sendromunu iyileştirmeye yardımcı olmaktadır.
Bağırsakların iyileşmesine yardımcı olabilecek hem probiyotikleri hem de kısa zincirli yağ asitlerini barındıran Kefir ve ev yoğurdu gibi besinler, geçirgen bağırsak sendromuna karşı etkilidir.
Stres özellikle sürekli hale geldiği zaman geçirgen bağırsak sendromuna sebep olabilir. Basit nefes egzersizleri, meditasyon strese karşı etkili yöntemlerdendir.
Bağırsak florasına zarar vermesi açısından reçetesiz ilaç kullanımı Geçirgen bağırsak sendromu için tehlike arz etmektedir. Bu sebeple ağrı kesiciler ve antibiyotikler kesinlikle doktor tavsiyesi ile alınmalıdır.