Futbola Osmancık Gücü Spor altyapısında başlayan Bilal Kısa, daha sonra Yüce Spor altyapısında oynadıktan sonra Fenerbahçe altyapısına transfer oldu. Fenerbahçe altyapısının ardından 2003 yılında altlig ekibi olan İzmirspor'a transfer olan Bilal, burada 1 sezon forma giydi, 31 maça çıktı ve 10 gol attı. Devamlılığı olan bir oyuncu olduğunu burada herkese ispat etti.
2.lig'de gösterdiği performansla Süper Lig ekiplerinin dikkatini çekmeyi başaran Bilal Kısa, 2004 yılında Malatyaspor'a imza attı ve Süper Lig'de boy göstermeye başladı. Kısa Sarı-Kırmızılı takımda 2 sezon kaldı. Bu süre içinde 58 maçta forma giymesinin yanı sıra 6 gol kaydetti.
Malatyaspor'un ardından Ankaraspor ve Ankaragücü'nde başarılı performansa imza atan deneyimli oyuncu, sırasıyla İzmir ekibi Karşıyaka ve Karabükspor formalarını terletti.
2012/13 sezonunun devre arasında teknik direktörümüz Hamza Hamzaoğlu'nun o dönem çalıştırdığı ligin yeni ekiplerinden Akhisar Belediyespor'a transfer olan yıldız oyuncu, gösterdiği üst düzey performans ile A Milli takım formasına 7,5 yıllık aranın ardından yeniden merhaba dedi.
Bilal Kısa, 15 Kasım 2013 tarihinde oynanan Kuzey İrlanda maçında 8 numaralı formayla 83 dakika sahada kaldı ve maçın tek golünün asistini Mevlüt Erdinç'e yaparak uzun yıllar sonra milli takım formasıyla başarılı bir başlangıç yaptı.