Bazı bağımsızlık girişimlerinden ve İspanya'nın eşit sayıdaki zulmünden sonra, Filipinli Milliyetçiler seslerini yükseltmeye başladılar. Filipinler bağımsızlık için savaşırken aynı zamanda İspanya'nın bir kolonisi olan Küba da kendisini İspanyol yönetiminden kurtarmaya çalışıyordu. Ancak Küba, ABD'nin desteğine sahipti.
25 Nisan 1898'de Amerika Birleşik Devletleri İspanya'ya savaş ilan etti. Savaş sadece birkaç saat sürdü ve İspanyol filosunun Manila Körfezi'nde tamamen yok edilmesiyle sonuçlandı. İspanyol-Amerikan savaşı, 10 Aralık 1898'de Paris Antlaşması ile resmen sona erdi. Ancak Amerikan hükümeti, Filipinler'in değil, yalnızca Küba'nın bağımsızlığıyla ilgileniyordu. Antlaşma ile Küba bağımsızlığını kazandı ve İspanya, Filipinler, Guam ve Porto Riko'yu 20 milyon ABD Doları karşılığında ABD'ye bıraktı.
Paris Antlaşması ve Amerika Birleşik Devletleri'nin müteakip eylemleri Filipinliler tarafından pek iyi karşılanmadı. Filipin Bağımsızlık Savaşı 4 Şubat 1899'da başladı ve iki yıl sürdü. Amerika Birleşik Devletleri'nin Filipinler'i bastırmak için 126.000 askere ihtiyacı vardı. Savaş 4.234 Amerikalı ve 16.000 Filipinlinin hayatını aldı. Filipinler Topluluğu, Amerika Birleşik Devletleri hükümeti tarafından 1935'te Filipin'e 10 yıl içinde bağımsızlık vermek amacıyla kuruldu.
8 Aralık 1941'de Pearl Harbor saldırısından on saat sonra Japon ordusu Filipinler'i işgal etti. General Douglas MacArthur komutasındaki Birleşik Devletler kuvvetleri 12 Aralık 1941'de Java'ya çekildi. MacArthur 'geri döneceğim' sözü verdi. General MacArthur sözünü tuttu ve Ekim 1944'te büyük bir amfibi kuvvetle Leyte adasına döndü. Sonraki dört ay boyunca ABD kuvvetleri Filipinli gerillaların yardımıyla Japon ordusunu bozguna uğrattı.
Savaştan sonra Birleşik Devletler, savaş öncesi İngiliz Milletler Topluluğu hükümetini yeniden kurdu. 1946'da Filipinler, bir İngiliz Milletler Topluluğu'ndan bağımsız bir cumhuriyete dönüştü.