Ece Üner, kariyer hayatına henüz üniversite hayatında başladı. 1999 yılında Koç Üniversitesi Sosyoloji Bölümünde eğitim almaya başladığı süreçlerde stajyer olarak kariyer hayatına ilk adımını attı.
Muhabirlik kariyerine ise 2002 yılında NTV çatısı altında başladı. Bu süreçte 2003 yılında Irak Savaşı'nda yazdığı haberler ve çevirilerle dikkatleri üzerine çekti. Buradaki kariyerinde diplomasi ve ekonomi alanlarında yoğunlaşan Üner, 2006 yılında Star TV'de muhabirlik yaptı ve ardından CNN Türk'e geçti.
CNN Türk'te ekran önündeki yerini alan Üner, 2007 yılında Orkun Yazgan ile beraber Yeni Gün programını sundu. 2009 yılında Habertürk TV'ye geçti ve devam eden yıllarda 2010'da 'Olduğu Gibi' tartışma programını, 2011'de ise 'Akşam Raporu' haber programını sundu. 2012 yılından Aralık 2017'ye kadar 'Enine Boyuna' tartışma programı ile ekranlarda seyirci ile buluşmaya devam etti.
2014'te bir süre Show Ana Haber bültenini sunan Ece Üner, Ocak 2018'de görevi yeniden devraldı. Ancak buradan 2021 yılında istifa ederek Kanal D'ye geçti ve Susma adlı kriminal program ile karşımıza çıktı. 2023 ila 2024 yıllarında TV100 Ana Haber bültenini sunan Üner, Şubat 2024'te Sözcü TV'ye geçti. Temmuz ayında ise Halk TV'ye geçerek burada Ana Haber Bülteni sunmaya başladı.