1993 yılında Tanrı Misafiri adlı ilk albümü piyasaya çıkar. Selçuk Tekay'ın prodüktörlüğünü, Özkan Turgay'ın aranjörlüğünü yaptığı albümde Gündeş, ilk albümünde milyonluk satış rakamına ulaşır.
Ebru Gündeş, ilk albümün ardından hemen ikinci albümün hazırlıklarına başlar ve ertesi yıl Tatlı Bela yayınlanır. Genç sanatçı, Tatlı Bela'da bu sefer ağırlıklı olarak slow ve romantik parçalar seslendirir. Bu albümle Gündeş, 1. Kral TV Video Müzik Ödülleri'nde 'En İyi Kadın TSM Sanatçısı' kategorisinde aday gösterilse de ödülü kazanamamıştır.
Ben Daha Büyümedim adlı üçüncü albümü 1995 yılında çıkar. Albüm, 'Fırtınalar' adlı ilk hitiyle ses getirirken Gündeş, 'Ben Daha Büyümedim' ve 'Çok mu Gördünüz' adlı parçalarla eleştirilere sitem eder. Bu albüm, Ebru Gündeş'in müzik hayatında Serdar Ortaç'la olan birlikteliğinin de başlangıcı olur. Ebru Gündeş, 1996'da 2. Kral TV Video Müzik Ödülleri'nde 'En İyi Kadın TSM Sanatçısı' ve Yılın En İyi Şarkısı ödüllerini alarak geceye damgasını vurur. Ebru Gündeş, 1996, 1997, 1999 yıllarında 3 kez En İyi Türk Sanat Müziği Kadın Sanatçı Ödülü'nü kazanarak bu ödülü en çok kazanan kişi olmuştur.
Kurtlar Sofrası adlı dördüncü albümü 1996 tarihinde çıkar. Bu arada oyunculuk tekliflerini de değerlendiren Ebru Gündeş, albümlerinin ismini taşıyan televizyon dizilerinde başrol alır.
İki yıllık bir aranın ardından 1998 yılında Sen Allah'ın Bir Lütfusun adlı albümü müzik marketlerdeki yerini alır. Albüm, Selçuk Tekay'ın yanında Kerem Ökten'in yönetmenliği ve aranjörlüğünde gerçekleşir. Albümle aynı adı taşıyan Kerem Ökten imzalı parça, 'Sen Allah'ın Bir Lütfusun', başta 1998 yılının ödüllerinin verildiği 5. Kral TV Video Müzik Ödülleri'nde TSM En İyi Kadın Sanatçı Ödülü'nü Ebru Gündeş'e 3. ve son kez kazandırmakla beraber, yine aynı ödül töreninde Yılın En İyi Şarkısı Ödülü'ne aday gösterilir. 'Sen Allah'ın Bir Lütfusun' albümünde on iki şarkı yer alır.
Ebru Gündeş 1999 yılında hayranlarının karşısına yepyeni bir albümle çıktı. Dön Ne Olur adını taşıyan bu albümünün stüdyodaki tanıtımı sırasında, basın mensupları önünde beyin kanaması geçiren 25 yaşındaki Ebru Gündeş, bir süre hastanede kaldıktan sonra, uzun bir süre de dinlenerek hayranlarından uzak kaldı. Tarık Ağansoy'un düzenlemelerini yaptığı albümde, genç söz yazarı ve bestecilerin de parçaları bulunuyor. Sezgin Büyük, Altan Çetin, Sinan Özşeker, Ertuğrul Polat, Hakkı Yalçın'ın yanı sıra Sezen Aksu'nun unutulmaz 'Hata' parçası da albümde yer alıyor.
Uzun bir süre dinlenme döneminin ardından, ilk konserini 11 Mart 2000 gecesi Bostancı Gösteri Merkezi'nde veren Ebru Gündeş, konserin tüm gelirini Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Vakfı Hastanesi Reanimasyon Kliniği'ne bağışladı.
TGRT kanalında yayınlanmış ve sunuculuğunu Ebru Gündeş'in yaptığı televizyon programında Gündeş'in ‘Yaşadıklarımdan öğrendiğim bir şey var’ adlı Ataol Behramoğlu'na ait şiirden 2 kıtayı telif hakkı ödemeden izinsiz defalarca okumasının ardından Behramoğlu tarafından Gündeş ve yapımcı, yayıncı firmalar aleyhine maddi ve manevi tazminat davası açılmıştır.
Öte yandan 2013 yılından itibaren O Ses Türkiye adlı yarışmada jüri üyeliğini yürüten Gündeş, 2016 yılında jüri üyeliğinden ayrılmıştır. 2020'de Seda Sayan'ın jüri üyeliğinden ayrılması üzerine Gündeş tekrar jüri üyeliğine geri dönmüştür.