La Liga'da 1999-2000 sezonunda İspanyol teknik direktör Javier Irureta yönetiminde tarihi bir sezon geçiren ülkenin mütevazi takımlarından Deportivo, Noureddine Naybet, Diego Tristan, Djalminha, Fran, Roy Makaay ve Mauro Silva gibi yetenekli oyuncuları sayesinde tarihinin en büyük başarısına imza attı.
Ülkenin en küçük kentlerinden 420 bin nüfuslu A Coruna kentinin takımı, o sezon Barcelona ve Valencia'nın 5 puan önünde şampiyonluğa ulaşarak, taraftarının günlerce süren kutlamalar yaşamasını sağladı.
İspanya Kral Kupası'nda 2001-02 sezonunda deplasmanda finalde karşılaştığı yıldızlar topluluğu Real Madrid'i 2-1 yenerek kupayı da kazanan Deportivo, ev sahibi taraftarı üzmüştü. Kupanın ve Real Madrid'in 100. sezonu olması nedeniyle Santiago Bernabeu Stadı'nı bayram yerine çeviren taraftarlar, mağlubiyetin ardından evlerine hayal kırıklığı içinde dönmek zorunda kalmıştı.
Taraftarlarını bir kez daha sevindirmeyi başaran Deportivo, 2003-04 sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde yarı finale adını yazdırırken, o yıl kupayı kazanan Porto'ya elenmişti. İspanya temsilcisi, eski oyuncularının kadrodan ayrılmasıyla sonraki süreçte eski başarılarını tekrarlayamadı.