Mevlüt Çavuşoğlu, 2003-2014 yılları arasında Avrupa Konseyi Parlamenter Meclisi'nde (AKPM) Başkan Yardımcılığı, Türk Delegasyonu Başkanlığı, Göç, Mülteciler ve Nüfus Komitesi Başkanlığı, Göç Alt Komitesi Başkanlığı, Turizm Kalkınma Alt Komitesi Başkanlığı, Denetim Komitesi, Ekonomik İşler ve Kalkınma Komitesi, Hukuk İşleri ve İnsan Hakları Komitesi, Siyasi İşler ve Demokrasi Komitesi üyelikleri gibi çeşitli görevlerde bulundu. Çavuşoğlu, aynı zamanda Avrupa Demokratik Grup Başkan Yardımcılığı ve Sözcülüğü görevlerini de üstlendi.
Bakan Çavuşoğlu, 2010-2012 yılları arasında AKPM Başkanlığına seçilerek bu görevi üstlenen ilk Türk Parlamenter oldu. AKPM Onursal Başkanı unvanı da taşıyan Çavuşoğlu, 27 Ocak 2012-31 Ocak 2014 tarihleri arasında Venedik Komisyonunda AKPM'yi temsil etti. Çavuşoğlu, AKPM'deki görevlerinin yanı sıra 2007-2010 yılları arasında Avrupa Güvenlik ve Savunma Asamblesi Türk Delegasyonu Başkanlığı görevini yürüttü.