Kuleli Askeri Lisesi ise 'Mekteb-i Fünun-i İdadiye' adıyla 21 Eylül 1845'te bugün İstanbul Teknik Üniversitesi olarak kullanılan Maçka Kışlası'nda kuruldu. Kışlanın tamiri nedeniyle ilk eğitim öğretim yılını, Mızıka-i Hümayun ve Baltacılar dairesi olarak kullanılan Çinili Köşk'te tamamlayan lise, tamiratının bitmesi üzerine Maçka Kışlası'na taşındı.
Lise, Sultan Abdülmecit'in de bulunduğu bir törenle 10 Ekim 1846'da ikinci öğretim yılına başladı. 1868'de mevcut askeri liselerin birleştirilmesi kararı alınınca, Kuleli de dahil olmak üzere, dört askeri lise 'Umum Mekteb-i İdadi Şahane' adı altında birleştirilerek, Galatasaray Kışlası'na nakledildi.
Daha sonra 1872'de okulların ayrı ayrı öğretime devam etmeleri kararlaştırılınca Mekteb-i Fünun-i İdadiye ve Deniz İdadisi, Kuleli Kışlası'na taşındı. Bu tarihten sonra okul, 'Kuleli İdadisi' adıyla anılmaya başladı. Ve bununla bina, kışlalıktan ayrılıp okul haline geldi.
Osmanlı-Rus Savaşı (1877-1878) dolayısıyla binanın hastaneye çevrilmesi kararlaştırılınca okul, Pangaltı'daki Harp Okulu binasına taşındı. Savaşın sona ermesiyle lise 1879'da Askeri Tıbbiye İdadisi ile yeniden Çengelköy'deki binasına nakledildi. Mevcudun artması üzerine okul haricindeki sırt üzerindeki okul hastanesi tahliye edilip burası tıbbiyeye tahsis edildi.
Hastane ise Beylerbeyi'ne taşınırken, Askeri Tıbbiye İdadisi, 1910'da Haydarpaşa'ya nakledildi.