Çikolata kisti tedavisinde ömür boyu düzenli kontroller ile hastalık kontrol altına alınabilmektedir. Tedavi çoğu zaman ilaçlar ile sürdürülür. Ancak bazen ilaçlar etkisiz kalabilmektedir. Bu durumda yapılabilecek diğer bir seçenek ameliyattır.
Adet döneminde yoğun ağrıları azaltmak için bazı ilaçlar reçete edilebilir. Gebelik düşünmeyen kadınlar için ağrı kesicilerin yanı sıra hormon tedavisine başlanabilir. Ancak gebelik düşünen kadınlar için hormon tedavisi risklidir. Bu sebeple cerrahi müdahaleye başvurulur.
Ameliyat sıklıkla laparoskopik yöntem ile yapılmaktadır. Bu yöntem göbek deliğinden küçük kesi açılması ile başlar. Kesiden girilerek ince tüp şeklindeki alet ile kistin olduğu yere ulaşım sağlanarak kist dokusu çıkarılır. Bu tedavi çoğu zaman anestezi altında yapılmaktadır. Ameliyatın ardından iyileşme süreci herkeste farklılık gösterir. Kistin çıkarılmasının akabinde birkaç gün içinde kaybolan karın ağrısı hissedebilirsiniz.