Avrupa'daki Katoliklerin Kraliçe I. Elizabeth'in Protestan yönetimine saldırmaya çalıştığı dönem de yaşadı. Dışişleri Bakanı konumundayken, hem yurtiçinde hem de yurtdışında bulunan yetmişin üzerinde gizli ajan içeren bir ağı yöneterek tarihteki ilk ünlü başcasus oldu. Walsingham, 1586 yılında, İskoçya Kraliçesi Mary'i İngiltere tahtına çıkarmayı hedefleyen meşhur Babington Entrikası'nı ortaya çıkardığında kariyerinin doruğundaydı. Bira fıçılarının tıpalarına yerleştirilmiş olan, Mary ile Anthony Babington arasındaki şifreli mesajları ele geçirdi. Walsingham'ın şifre-çözücülerinin Babington şifresini çözmesinin ardından Mary yargılandı ve vatana ihanet suçuyla idam edildi. Bu şifrenin anahtarı olarak kullanılan, som altın yuvaya oturtulmuş muazzam bir yakut mücevher hakkında söylentiler bulunmakta. Bu mücevherlerin nerede olduğuysa bilinmiyor.
Not: Kapsamlı araştırmalara rağmen, İskoçya Kraliçesi Mary'e ait altın bir şifre anahtarının varlığını doğrulanamadı. Ancak eğer günün birinde bulunabilirse, böyle bir hazinenin her casus için muhteşem bir ödül olacağına hiç şüphe yoktur.