Yetmişli yıllarda, ülkemizde ve dünyada faaliyet gösteren istihbarat teşkilatları genellikle sol grupları izledi. Hedef, Soğuk Savaş'ın da bariz görülen etkisiyle, komünist ideolojiydi. Doksanlara kadar iyi kötü bu şekilde varlık gösteren Türk istihbarat teşkilatları, doksanların başlarında yeni faaliyet alanları bulmaya başladılar.
Doksanların başlarında doğuda, kırsal bölgelerde PKK güçleniyor; batıda ise sol görüşlü örgütler eylemlerini artırıyordu. Devlet, kontrolü tümüyle kaybetmese de maddi ve manevi kayıplara uğruyordu. Durum böyle olunca, terör de karşısında yeniden örgütlenmiş birtakım istihbarat örgütlerini bulmaya başladı.
Başlarda terör örgütlerinden topladıkları bilgileri devletteki diğer kaynaklarla paylaşan istihbarat teşkilatları, zamanla sahaya inip kendi işlerini kendileri halletmeye başladılar. Bu sayede paraları da, sayıları da arttı.
1965 yılında kurulan MİT; uçakları, helikopterleri, geniş kadrosu ve insan kaynakları ile Türkiye'nin istihbarat faaliyetleri yürüttüğü bilinen en büyük ve köklü kurumu. Doksanlardan itibaren kaynaklarının önemli bir bölümünü PKK ile mücadeleye yönelten teşkilat, Türkiye'nin doğusunda ve Kuzey Irak gibi bölgelerde de geniş bir istihbarat ağına sahip.
Milli İstihbarat Teşkilatı, yıllarca muvazzaf (görevinin başında) subaylar tarafından yönetilmişti. Bilindiği üzere, uzunca bir süredir MİT'in başına geçecek müsteşarlarda böyle bir şart aranmıyor.
Genelkurmay İstihbarat Daire Başkanlığı, özel istihbaratçı subaylar yetiştiriyor.. Kara, hava ve deniz birimlerinin topladığı bilgiler Genelkurmay'da birleşiyor ve değerlendiriliyor. Bu teşkilat, faaliyetlerini 'ileri derecede gizli' düzeyde yürütüyor.
Devletin milli güvenlik siyasetinin tayini, tespiti ve uygulaması ile ilgili alınan tavsiye kararları ve gerekli koordinasyonun sağlanması konusundaki görüşlerini Bakanlar Kurulu'na bildirmekle görevli olan Milli Güvenlik Kurulu da, kurulun değerlendirmelerinde kullanılacak istihbaratların edinilmesi için zaman zaman özel bir istihbarat ağına başvuruyor. Kurulun çalışmalarına yardımcı olan bu istihbarat kadrosu, diğer teşkilatlarınki kadar geniş değil.
Jandarma İstihbarat Başkanlığı; başta terör suçları olmak üzere, işlenen suçla ilgili kişiler, gruplar ve suç örgütlerine yönelik bilgi toplama ve işleme amacıyla kurulmuş. Bu birim, aynı zamanda kendi teşkilat elemanlarını da yetiştiriyor.
Doksanlarda büyüyüp gelişen bu teşkilat, Terörle Mücadele Daire Başkanlığı gibi birimlerin yanı sıra Türkiye'deki il ve ilçelerin çoğunda örgütlü vaziyette. Ülke genelinde istihbarat yetkisi bulunan Emniyet istihbarat birimleri; Kaçakçılık, Harekat ve Bilgi Toplama Dairesi Başkanlığı, Jandarma İstihbarat Başkanlığı ve Sahil Güvenlik İstihbarat Başkanlığı gibi diğer teşkilatlanmalarla beraber İçişleri Bakanlığı'na bağlı olarak çalışıyor.
Çok tartışmalı bir kurum olan JİTEM (Jandarma İstihbarat ve Terörle Mücadele), Jandarma Genel Komutanlığı'nın kendi inisiyatifiyle, İçişleri Bakanlığı ve Genelkurmay Başkanlığı'nın bilgisi olmadan kurulmuş ve faaliyet göstermiş bir oluşum. Devlet kurumları yıllarca JİTEM'in varlığını kabul etmedi. Ancak Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın JİTEM ilgili başlattığı soruşturmayla bu teşkilatın varlığı ilk elden doğrulanmış oldu.
Adı Güneydoğu'da işlenen faili meçhul cinayetlerle gündeme gelen JİTEM'in önce kıdemli isimlerinin çoğu tasfiye edildi, sonra tümüyle dağıtıldı. Bir dönem bazı PKK'lı itirafçıların da JİTEM üyesi olarak kullanıldığı iddia ediliyordu. Teşkilatın kurucusu Eşref Bitlis 1993'te kuşkulu bir uçak kazasında, Güneydoğu'da yaygınlaştıran Cem Ersever ise faili meçhul bir cinayet sonucunda hayatını kaybetti.