Balık yağının insan sağlığına pek çok faydası bulunur. İçerisinde bulunan omega 3 sayesinde, vücudun çeşitli bölgelerinin gelişimini sağlar. Kalp damar sağlığının korunması açısından tüketilmesi oldukça önemlidir. Kan basıncını düzenleyerek yüksek tansiyonu düşürmeyi sağlar. HDL kolesterol olarak da bilinen iyi kolesterol üzerinde olumlu etkileri bulunur. Kanın pıhtılaşmasını ve kalp ritim bozukluklarını önler.
Vücudun birçok bölgesinde oluşan şişliklerin ve iltihaplanmaların giderilmesi için balık yağı kullanılabilir. Özellikle Crohn hastalıkları, çölyak, kısa bağırsak sendromu yaşayan kişiler doktor kontrolünde balık yağı takviyesi alabilir. Aynı zamanda bağışıklık sisteminin koruyan birçok vitamin, minerali de içinde barındırır. Lupus hastalığının belirtilerini en aza indirger.
Spor yapan ve kilo vermek isteyen kişilerin sıklıkla tercih ettiği takviye gıdalardan biridir. Kilo vermeyi hızlandırır ve yapılan sporun etkisini arttırır. Yapılan araştırmalarda balık yağının anksiyete, hiperaktivite gibi problemler üzerinde pek çok yararı bulunduğu tespit edilmiştir. Ayrıca Alzheimer ve AIDS hastalıklarına uygulanan tedavilerin etkisini arttırdığı da görülmüştür. Hamilelik dönemlerinde düşük problemlerini engellemeye çalışır. Aynı zamanda kuruluk, sivilce, sedef hastalığı, egzama gibi çeşitli cilt sorunlarının giderilmesini sağlar.
Balık yağı, hem yetişkinler hem de çocuklar için faydalı bir besin olsa da bazı kişilerde yan etkilere sebep olabilir. Aşırı tüketilen balık yağı, göğüs ağrıları, sırt ağrılarına yol açar. Midede gaz oluşmasına sebep olabilir. Bundan dolayı ishal gibi bağırsak problemleri görülebilir.